Identificação e caracterização de elementos genômicos funcionais associados com a progressão de gliomas de baixo grau a gliomas de alto grau: estudo integrado do genoma e epigenoma

• Processo: 14/08321-3
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
• Vigência (Início): 01 de setembro de 2014
• Vigência (Término): 28 de fevereiro de 2018
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Humana e Médica
• Acordo de Cooperação: Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)
• Pesquisador responsável: Houtan Noushmehr
• Beneficiário: Camila Ferreira de Souza
• Instituição Sede: Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 15/07925-5 - Softwares de código aberto contendo ferramentas estatísticas para análise e integração de conjuntos de dados epigenômicos produzidos em alta escala, a fim de decifrar e entender redes reguladoras de câncer, AP.JP
• Bolsa(s) vinculada(s): 16/15485-8 - Biomarcadores clínicos em tumores do sistema nervoso central, BE.EP.PD
• Assunto(s): Glioma
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: bioinformatics | clinical behavior | Epigenome | glioma | molecular subgroup | Next-generation sequencing | Epigenética e Bioinformática no Câncer

Resumo

O termo glioma é uma denominação genérica para designar um grupo heterogêneo de tumores, nos quais a etiologia, o padrão de crescimento histopatológico, as assinaturas moleculares, o comportamento clínico, a resposta à terapia e o prognóstico são variáveis. Os gliomas representam cerca de oitenta por cento de todos os cânceres cerebrais primários. Alguns gliomas de baixo grau tendem a evoluir para lesões com graus mais elevados de malignidade. O glioblastoma multiforme (GBM) é o tipo mais frequente e agressivo de glioma cerebral em humanos. O glioblastoma mostra-se resistente à terapia, sendo que os pacientes portadores de GBM têm prognóstico ruim, apresentando sobrevida global média de um ano. Esses dados ressaltam a necessidade em definir subtipos de tumores que possam fornecer as bases moleculares conceituais para o desenvolvimento de tratamentos de segunda linha para pacientes com recidiva tumoral. Alterações epigenéticas acumulam-se durante a tumorigênese. A instabilidade genômica e a superexpressão de oncogenes podem ser causadas pela hipometilação aberrante do DNA. Todavia, a hipermetilação das ilhas CpG localizadas na região promotora configura um mecanismo importante para a inativação de genes supressores de tumor em células neoplásicas. É importante ressaltar que o Dr. Houtan Noushmehr e colaboradores (2010) identificaram, pela primeira vez, um novo subgrupo de glioma intitulado G-CIMP (Glioma-CpG Island Methylator Phenotype), que difere tendo como base padrões moleculares e clínicos. Nesse cenário, este projeto objetiva integrar a tecnologia de sequenciamento em escala genômica com dados clínicos, usando ferramentas de Bioinformática e dados disponíveis em bancos de dados públicos, para um melhor entendimento de como o epigenoma influencia a progressão de gliomas de baixo grau a glioblastomas. Essa análise integrada apontará para novas alterações moleculares e subgrupos com potencial impacto clínico, auxiliando a esclarecer a contribuição de alterações na metilação do DNA na patogenia do glioblastoma. (AU)

Publicações científicas

(6)

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

ALDAPE, KENNETH; AMIN, SAMIRKUMAR B.; ASHLEY, DAVID M.; BARNHOLTZ-SLOAN, JILL S.; BATES, AMANDA J.; BEROUKHIM, RAMEEN; BOCK, CHRISTOPH; BRAT, DANIEL J.; CLAUS, ELIZABETH B.; COSTELLO, JOSEPH F.; et al. Glioma through the looking GLASS: molecular evolution of diffuse gliomas and the Glioma Longitudinal Analysis Consortium. NEURO-ONCOLOGY, v. 20, n. 7, p. 873-884, JUL 2018. (16/15485-8, 14/08321-3, 15/07925-5)

MAZOR, TALI; CHESNELONG, CHARLES; PANKOV, ALEKSANDR; JALBERT, LLEWELLYN E.; HONG, CHIBO; HAYES, JOSIE; SMIRNOV, IVAN V.; MARSHALL, ROXANNE; SOUZA, CAMILA F.; SHEN, YAOQING; et al. Clonal expansion and epigenetic reprogramming following deletion or amplification of mutant IDH1. PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, v. 114, n. 40, p. 10743-10748, OCT 3 2017. (16/15485-8, 14/08321-3, 15/07925-5)

DE SOUZA, CAMILA FERREIRA; SABEDOT, THAIS S.; MALTA, TATHIANE M.; STETSON, LINDSAY; MOROZOVA, OLENA; SOKOLOV, ARTEM; LAIRD, PETER W.; WIZNEROWICZ, MACIEJ; IAVARONE, ANTONIO; SNYDER, JAMES; et al. A Distinct DNA Methylation Shift in a Subset of Glioma CpG Island Methylator Phenotypes during Tumor Recurrence. CELL REPORTS, v. 23, n. 2, p. 637-651, APR 10 2018. (14/03989-6, 16/15485-8, 16/06488-3, 14/08321-3, 16/12329-5, 16/01975-3, 14/02245-3, 15/07925-5)

MALTA, TATHIANE M.; SOKOLOV, ARTEM; GENTLES, ANDREW J.; BURZYKOWSKI, TOMASZ; POISSON, LAILA; WEINSTEIN, JOHN N.; KAMINSKA, BOZENA; HUELSKEN, JOERG; OMBERG, LARSSON; GEVAERT, OLIVIER; et al. Machine Learning Identifies Stemness Features Associated with Oncogenic Dedifferentiation. Cell, v. 173, n. 2, p. 338+, APR 5 2018. (16/06488-3, 14/08321-3, 15/07925-5, 16/01975-3, 16/01389-7, 16/15485-8, 14/02245-3, 16/10436-9, 16/12329-5)

MALTA, TATHIANE M.; DE SOUZA, CAMILA F.; SABEDOT, THAIS S.; SILVA, TIAGO C.; MOSELLA, MARITZA S.; KALKANIS, STEVEN N.; SNYDER, JAMES; CASTRO, ANA VALERIA B.; NOUSHMEHR, HOUTAN. Glioma CpG island methylator phenotype (G-CIMP): biological and clinical implications. NEURO-ONCOLOGY, v. 20, n. 5, p. 608-620, MAY 2018. (16/06488-3, 16/15485-8, 14/08321-3, 16/12329-5, 16/10436-9, 15/07925-5, 16/01975-3, 14/02245-3, 16/01389-7, 16/11039-3)

CECCARELLI, MICHELE; BARTHEL, FLORIS P.; MALTA, TATHIANE M.; SABEDOT, THAIS S.; SALAMA, SOFIE R.; MURRAY, BRADLEY A.; MOROZOVA, OLENA; NEWTON, YULIA; RADENBAUGH, AMIE; PAGNOTTA, STEFANO M.; et al. Molecular Profiling Reveals Biologically Discrete Subsets and Pathways of Progression in Diffuse Glioma. Cell, v. 164, n. 3, p. 550-563, JAN 28 2016. (14/08321-3, 15/02844-7, 14/02245-3, 15/07925-5)