Detecção e caracterização de SNPs no gene LEPR por sequenciamento de nova geração em galinhas

• Processo: 15/10111-0
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
• Data de Início da vigência: 01 de julho de 2015
• Data de Término da vigência: 31 de dezembro de 2015
• Área de conhecimento: Ciências Agrárias - Zootecnia - Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
• Pesquisador responsável: Clarissa Boschiero
• Beneficiário: Priscila Anchieta Trevisoli
• Instituição Sede: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALQ). Universidade de São Paulo (USP). Piracicaba , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 14/08704-0 - Identificação de locos de interesse zootécnico na galinha doméstica, AP.TEM
• Assunto(s): Biologia computacional Melhoramento genético animal Genômica Leptina Polimorfismo de um único nucleotídeo Sequenciamento de nova geração Variação genética Galinhas de corte
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: bioinformática | Frangos de corte | galinha doméstica | gene receptor da leptina | SNPs | Tecido adiposo | Genômica

Resumo

A genômica animal tem contribuído para o desenvolvimento de ferramentas que podem ser utilizadas nos programas de melhoramento genético, como o sequenciamento de nova geração e os painéis densos de SNPs. Estas ferramentas podem ajudar na descoberta de novos genes ou mutações causais de interesse biológico e assim contribuem para a melhoria da eficiência e qualidade dos produtos de origem animal. Os polimorfismos do tipo SNP têm sido associados com várias doenças ou características de interesse zootécnico, além de serem a base para a diversidade animal, por isso, sua identificação massiva por sequenciamento de nova geração é uma etapa fundamental. Apesar de estudos globais de identificação de SNPs no genoma todo da galinha já terem sido realizados, uma caracterização mais detalhada de variações em genes de interesse biológico ainda é necessária, principalmente os SNPs localizados em regiões codificantes com potencial de alterar a função da proteína. Um gene de interesse zootécnico é o receptor da leptina (LEPR) que está localizado no cromossomo 8 da galinha e cinco mutações neste gene já foram associadas com crescimento, eficiência alimentar e características ósseas em galinhas. A leptina é um hormônio secretado principalmente pelo tecido adiposo e atua na regulação de ingestão de alimentos e saciedade em mamíferos, mas em aves a ação deste hormônio ainda não foi muito bem compreendida. Por isso, este trabalho tem como principal objetivo identificar e caracterizar variações genéticas do tipo SNP no gene LEPR a partir de dados de sequenciamento de nova geração de duas linhagens experimentais de galinhas (corte e postura) desenvolvidas pela EMBRAPA Suínos e Aves por meio de ferramentas de Bioinformática, assim obter um catálogo detalhado de mutações neste gene para futuros estudos, além de identificar SNPs potencialmente funcionais e exclusivos em uma linhagem.