Identificação dos inícios de transcrição (TSSs) na arqueia extremófila Halobacterium salinarum NRC-1 e sua associação com a produção de intraRNAs

• Processo: 15/12012-9
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado Direto
• Data de Início da vigência: 01 de outubro de 2015
• Data de Término da vigência: 31 de julho de 2016
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
• Pesquisador responsável: Tie Koide
• Beneficiário: Felipe ten Caten
• Instituição Sede: Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
• Assunto(s): Biologia computacional Archaea Halobacterium salinarum Expressão gênica Análise de sequência de RNA
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Archaea | dRNA-seq | expressão gênica | Halobacterium salinarum | Início de transcrição | intraRNAs | Bioinformática / Biologia Sitêmica

Resumo

Com o desenvolvimento das tecnologias de quantificação da expressão gênica em larga escala, tem crescido o número de evidências apontando que grande parte do genoma de diferentes organismos possui algum nível de expressão gênica. Dessa forma, o universo de RNAs presentes nas células tem se expandido, mostrando que transcritos independentes podem ser detectados na fita oposta de regiões codificantes, sobrepostos as porções 5' e 3' de genes, em regiões intergênicas, ou podem se estender por vários pares de base, gerando transcritos que atuem tanto como RNAs não codificantes em determinadas situações, como RNAs codificantes em outras. Esse fenômeno recebeu o nome de transcrição pervasiva. Dentre os inúmeros transcritos gerados através do fenômeno da transcrição pervasiva um grupo de RNAs que despertam grande interesse são os intraRNAs, ou RNAs sobrepostos a regiões codificantes e que podem executar funções distintas dos transcritos cognatos. Através de experimentos de differential RNA-seq (dRNA-seq) na condição referência de crescimento da arqueia extremófila Halobacterium salinarum NRC-1, conseguimos detectar 1633 inícios de transcrição ao longo de todo o genoma desse microorganismos. Destes, 161 estão localizados na porção interna de genes codificadores de proteínas e estão possivelmente relacionados com a produção de intraRNAs. Além disso, a presença de domínios proteicos conservados relacionados a alguns destes TSSs internos fornece indícios de que a existência de intraRNAs sobrepostos a essas regiões poderiam dar origem a proteínas funcionais. Para expandirmos as informações previamente obtidas, experimentos complementares de dRNA-seq serão realizados ao longo da curva de crescimento de H. salinarum NRC-1, uma vez que muitos genes só podem ser detectados em condições específicas do crescimento. Com essa nova informação poderemos detectar também genes produzidos a partir de diferentes inícios de transcrição e verificar se os intraRNAs identificados apresentam expressão diferencial de acordo com a condição de crescimento em que o organismo se encontra. (AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

PEREIRA DE ALMEIDA, JOAO PAULO; VENCIO, RICARDO Z. N.; LORENZETTI, ALAN P. R.; TEN-CATEN, FELIPE; GOMES-FILHO, JOSE VICENTE; KOIDE, TIE. The Primary Antisense Transcriptome of Halobacterium salinarum NRC-1. GENES, v. 10, n. 4, APR 2019. (15/12012-9, 15/21038-1, 13/21522-5, 17/03052-2, 11/14455-4)

TEN-CATEN, FELIPE; VENCIO, RICARDO Z. N.; LORENZETTI, ALAN PERICLES R.; ZARAMELA, LIVIA SOARES; SANTANA, ANA CAROLINA; KOIDE, TIE. Internal RNAs overlapping coding sequences can drive the production of alternative proteins in archaea. RNA BIOLOGY, v. 15, n. 8, p. 1119-1132, 2018. (11/14455-4, 15/21038-1, 17/03052-2, 11/07487-7, 15/12012-9)