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Métodos Bayesianos aplicados à predição genômica de características de produção e qualidade do leite de búfalas

Processo: 15/18614-0
Linha de fomento:Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Doutorado
Vigência (Início): 15 de janeiro de 2016
Vigência (Término): 14 de setembro de 2016
Área do conhecimento:Ciências Agrárias - Zootecnia - Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
Pesquisador responsável:Humberto Tonhati
Beneficiário:Camila da Costa Barros
Supervisor no Exterior: Guilherme Jordao de Magalhaes Rosa
Instituição-sede: Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias (FCAV). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Jaboticabal. Jaboticabal , SP, Brasil
Local de pesquisa : University of Wisconsin-Madison (UW-Madison), Estados Unidos  
Vinculado à bolsa:13/24427-3 - Seleção genômica para características de produção e qualidade do leite de búfalas, BP.DR
Assunto(s):Genômica

Resumo

O leite de búfala caracteriza-se pela elevada quantidade em termos de gordura, proteína e sólidos totais, quando comparado ao leite de outras espécies animais, o que permite maior rendimento dos seus derivados, principalmente na confecção do queijo mozzarella. A seleção genômica confere benefícios ao melhoramento genético animal devido à utilização direta das informações do DNA no processo de seleção, aumentando o ganho genético em comparação a seleção tradicional com base apenas no fenótipo e pedigree. O objetivo deste estudo será avaliar e comparar diferentes modelos quanto à capacidade de predição dos valores genéticos genômicos obtidos através de diferentes metodologias do alfabeto bayesiano visando à seleção genômica para as características de produção de leite e as porcentagens de gordura e proteína do leite de búfalas. Serão utilizadas informações de fenótipo e genótipo de 452 animais (57 machos e 395 fêmeas) da raça Murrah, provenientes de doze rebanhos do Estado de São Paulo. Os animais já encontram genotipados com chips específicos para búfalos, o qual identifica 90.000 SNPs espelhados pelo genoma bubalino (Axiom® Buffalo Genotyping Array). Serão calculados os valores genéticos desregressados (DEBV) para serem utilizados como variáveis respostas na análise genômica. Os valores genômicos serão preditos utilizando-se os seguintes métodos: Bayes A, Bayes B, Bayes C? e Improved Bayesian LASSO. Os modelos bayesianos serão comparados por meio de validação cruzada realizado separadamente para cada característica analisada. A população será dividida em duas: população de treinamento, que será utilizada para obter os efeitos dos marcadores SNPs e população de validação, que será utilizada para avaliar a concordância entre valores genéticos preditos via estimativas provenientes da população de treinamento e fenótipos corrigidos observados. A partir da correlação de Pearson entre os valores preditos na validação e os observados no conjunto de dados será possível obter a acurácia de predição.

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