Sequenciamento do genoma total e análise de bioinformática de linhagens de Salmonella enteritidis isoladas no período pré e pós-pandemia no Brasil

• Processo: 16/05817-3
• Modalidade de apoio: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Pós-Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de novembro de 2016
• Data de Término da vigência: 31 de outubro de 2017
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Microbiologia - Biologia e Fisiologia dos Microorganismos
• Pesquisador responsável: Juliana Pfrimer Falcão
• Beneficiário: Fábio Campioni
• Supervisor: Marc William Allard
• Instituição Sede: Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto (FCFRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
• Instituição Anfitriã: U.S. Food and Drug Administration (FDA), Estados Unidos
• Vinculado à bolsa: 13/25191-3 - Análise fenotípica e sequenciamento do transcriptoma e genoma em linhagens de Salmonella Enteritidis isoladas no período pré e pós-pandemia no Brasil, BP.PD
• Assunto(s): Biologia computacional Epidemiologia Virulência Infecções por Salmonella Salmonella enteritidis
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: análise de bioinformática | Pandemia | salmonella enteritidis | sequenciamento | Virulência | Epidemiologia

Resumo

A doença decorrente da infecção por Salmonella é um dos maiores problemas de saúde no mundo em termos de morbidade e mortalidade. Entre as sorovariedades de Salmonella enterica, a Enteritidis (S. Enteritidis) compreende linhagens que possuem habilidade especializada de colonizar o trato reprodutivo de aves e contaminar componentes internos de ovos, o que possibilitou que S. Enteritidis se tornasse a mais comum das sorovariedades de Salmonella spp. causadoras de doenças em humanos. Apesar de não se saber ao certo os motivos que levaram a isso, acredita-se que um clone epidêmico e mais virulento tenha sido inserido no país pelo intercâmbio comercial de aves com outros países. Esse projeto tem como objetivo analisar comparativamente através de sequenciamento do genoma total, linhagens de Salmonella Enteritidis isoladas ao longo de 45 anos no Brasil, o que inclui linhagens isoladas no período pré e pós-pandemia no Brasil. Para isso, serão estudadas 208 linhagens de S. Enteritidis, sendo 24 linhagens isoladas no período pré-pandemia (1968-1992) e 184 linhagens isoladas no período pós-pandemia (1993-2013) em vários locais do Brasil. Todas as 208 S. Enteritidis terão seu genoma completo sequenciado utilizando-se a plataforma Nextseq da Illumina durante o estágio a ser realizado no exterior no Food and Drugs Administration e, a análise dos dados, será realizada sob a supervisão do prof. Dr. Daniel Janies da University of North Caroline. Em conjunto, os resultados a serem obtidos deverão contribuir para uma melhor caracterização de S. Enteritidis, bem como fornecerão informações sobre as genômicas entre linhagens isoladas em período pré e pós-pandemia no país, o que poderá colaborar na elucidação dos motivos do início da pandemia no Brasil, bem como, poderá fornecer dados para outros estudos sobre a emergência da sorovariedade Enteritidis como a mais prevalente em vários locais do mundo. (AU)

Publicações científicas

(8)

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

MARTINS IMORI, PRISCILLA FERNANDA; CAMPIONI, FABIO; CAO, GUOJIE; KASTANIS, GEORGE; LEON, MARIA SANCHEZ; ALLARD, MARC WILLIAM; FALCAO, JULIANA PFRIMER. Draft Genome Sequences of Yersinia frederiksenii, Yersinia intermedia, and Yersinia kristensenii Strains from Brazil. MICROBIOLOGY RESOURCE ANNOUNCEMENTS, v. 5, n. 32, AUG 2017. (16/05817-3, 16/24716-3, 13/25191-3)

CAMPIONI, FABIO; VILELA, FELIPE PINHEIRO; CAO, GUOJIE; KASTANIS, GEORGE; RODRIGUES, DALIA DOS PRAZERES; COSTA, RENATA GARCIA; TIBA-CASAS, MONIQUE RIBEIRO; YIN, LANLAN; ALLARD, MARC; FALCAO, JULIANA PFRIMER. Whole genome sequencing analyses revealed that Salmonella enterica serovar Dublin strains from Brazil belonged to two predominant clades. SCIENTIFIC REPORTS, v. 12, n. 1, p. 6-pg., 2022-06-22. (16/05817-3, 16/24716-3, 13/25191-3, 19/19338-8)

CAMPIONI, FABIO; CAO, GUOJIE; KASTANIS, GEORGE; JANIES, DANIEL A.; MORATO BERGAMINI, ALZIRA MARIA; RODRIGUES, DALIA DOS PRAZERES; STONES, ROBERT; BROWN, ERIC; ALLARD, MARC W.; FALCAO, JULIANA PFRIMER. Changing of the Genomic Pattern of Salmonella Enteritidis Strains Isolated in Brazil Over a 48 year-period revealed by Whole Genome SNP Analyses. SCIENTIFIC REPORTS, v. 8, JUL 11 2018. (14/13029-0, 16/05817-3, 13/25191-3)

CAMPIONI, FABIO; CAO, GUOJIE; KASTANIS, GEORGE; LEON, MARIA SANCHEZ; MORATO BERGAMINI, ALZIRA MARIA; RODRIGUES, DALIA DOS PRAZERES; ALLARD, MARC WILLIAM; FALCAO, JULIANA PFRIMER. Draft Genome Sequences of 256 Salmonella enterica subsp. enterica Serovar Enteritidis Strains Isolated from Humans, Food, Chickens, and Farm Environments in Brazil. GENOME ANNOUNCEMENTS, v. 5, n. 28, p. 6-pg., 2017-07-01. (12/19132-1, 13/25191-3, 16/05817-3)

CAMPIONI, FABIO; CAO, GUOJIE; KASTANIS, GEORGE; LEON, MARIA SANCHEZ; MORATO BERGAMINI, ALZIRA MARIA; RODRIGUES, DALIA DOS PRAZERES; ALLARD, MARC WILLIAM; FALCAO, JULIANA PFRIMER. Draft Genome Sequences of 256 Salmonella enterica subsp. enterica Serovar Enteritidis Strains Isolated from Humans, Food, Chickens, and Farm Environments in Brazil. MICROBIOLOGY RESOURCE ANNOUNCEMENTS, v. 5, n. 28, JUL 2017. (16/05817-3, 12/19132-1, 13/25191-3)

CAMPIONI, FABIO; VILELA, FELIPE PINHEIRO; CAO, GUOJIE; KASTANIS, GEORGE; MILLER, DANIELA; LEON, MARIA SANCHEZ; TIBA-CASAS, MONIQUE RIBEIRO; FERNANDES, SUELI APARECIDA; RODRIGUES, DANA DOS PRAZERES; COSTA, RENATA GARCIA; et al. Draft Genome Sequences of 112 Salmonella enterica Serovar Dublin Strains Isolated from Humans and Animals in Brazil. MICROBIOLOGY RESOURCE ANNOUNCEMENTS, v. 6, n. 24, JUN 2018. (17/05756-7, 16/05817-3, 15/10818-6, 16/24716-3, 13/25191-3)

CAMPIONI, FABIO; VILELA, FELIPE PINHEIRO; CAO, GUOJIE; KASTANIS, GEORGE; MILLER, DANIELA; LEON, MARIA SANCHEZ; TIBA-CASAS, MONIQUE RIBEIRO; FERNANDES, SUELI APARECIDA; RODRIGUES, DANA DOS PRAZERES; COSTA, RENATA GARCIA; et al. Draft Genome Sequences of 112 Salmonella enterica Serovar Dublin Strains Isolated from Humans and Animals in Brazil. GENOME ANNOUNCEMENTS, v. 6, n. 24, p. 4-pg., 2018-06-01. (17/05756-7, 15/10818-6, 16/24716-3, 16/05817-3, 13/25191-3)

MARTINS IMORI, PRISCILLA FERNANDA; CAMPIONI, FABIO; CAO, GUOJIE; KASTANIS, GEORGE; LEON, MARIA SANCHEZ; ALLARD, MARC WILLIAM; FALCAO, JULIANA PFRIMER. Draft Genome Sequences of Yersinia frederiksenii, Yersinia intermedia, and Yersinia kristensenii Strains from Brazil. GENOME ANNOUNCEMENTS, v. 5, n. 32, p. 2-pg., 2017-08-01. (13/25191-3, 16/24716-3, 16/05817-3)