Desvendando as relações arquitetura/função de promotores bacterianos complexos utilizando abordagens de biologia sintética

• Processo: 16/19179-9
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de maio de 2017
• Data de Término da vigência: 30 de novembro de 2020
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Microbiologia - Biologia e Fisiologia dos Microorganismos
• Acordo de Cooperação: Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)
• Pesquisador responsável: Rafael Silva Rocha
• Beneficiário: Lummy Maria Oliveira Monteiro
• Instituição Sede: Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 12/22921-8 - Abordagens de biologia sintética para decifrar os mecanismos de integração de sinais em promotores bacterianos complexos, AP.JP
• Bolsa(s) vinculada(s): 18/21133-2 - Reconstrução de redes regulatórias bacterianas em amostras ambientais terrestres, BE.EP.DR
• Assunto(s): Regulação da expressão gênica Biologia sintética
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Promoteres sintéticos | Redes reguatórias | Regulação gênica | Biologia Sintética

Resumo

A regulação da expressão gênica em procariotos vem sendo estudada extensivamente, entretanto o efeito de diferentes fatores, como por exemplo, a ordem das sequências operadoras em um promotor ainda permanece pouco entendido. Uma das possíveis estratégias para desvendar mecanismos de atuação e relações da arquitetura/função de promotores bacterianos são as abordagens de biologia sintética que por sua vez, combina biologia e engenharia para projetar e construir novas funções em sistemas biológicos. O presente projeto por sua vez tem por objetivo caracterizar o efeito que diferentes fatores de transcrição teriam sobre a lógica final do sistema, desvendando assim regras fundamentais da relação arquitetura/lógica em promotores bacterianos. Desvendar essas regras ajudaria na criação de um sistema preditivo capaz de decifrar a lógica de promotores naturais com base na distribuição das sequências operadoras dos mesmos, permitindo um avanço significativo no entendimento dos mecanismos combinatórios de controle da expressão gênica em bactérias, com potencial impacto para aplicações biotecnológicas baseadas na reengenharia de circuitos biológicos. Os resultados esperados devem contribuir não somente para um melhor entendimento dos mecanismos fundamentais relacionados com a integração de sinais em promotores procarióticos, mas também permitir gerar as regras e os métodos necessários para o desenho de sistemas biológicos padronizados para diferentes aplicações biotecnológicas. (AU)

Publicações científicas

(8)

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

NORA, LUISA CZAMANSKI; WESTMANN, CAUA ANTUNES; MARTINS-SANTANA, LEONARDO; ALVES, LUANA DE FATIMA; OLIVEIRA MONTEIRO, LUMMY MARIA; GUAZZARONI, MARIA-EUGENIA; SILVA-ROCHA, RAFAEL. The art of vector engineering: towards the construction of next-generation genetic tools. MICROBIAL BIOTECHNOLOGY, v. 12, n. 1, p. 125-147, JAN 2019. (16/19179-9, 17/17924-1, 16/06323-4, 16/05472-6, 16/03763-3, 15/04309-1, 12/22921-8)

SANCHES-MEDEIROS, ANANDA; OLIVEIRA MONTEIRO, LUMMY MARIA; SILVA-ROCHA, RAFAEL. Calibrating Transcriptional Activity Using Constitutive Synthetic Promoters in Mutants for Global Regulators in Escherichia coli. INTERNATIONAL JOURNAL OF GENOMICS, 2018. (16/19179-9, 15/22386-3, 12/22921-8)

OLIVEIRA MONTEIRO, LUMMY MARIA; SANCHES-MEDEIROS, ANANDA; WESTMANN, CAUA ANTUNES; SILVA-ROCHA, RAFAEL. Unraveling the Complex Interplay of Fis and IHF Through Synthetic Promoter Engineering. FRONTIERS IN BIOENGINEERING AND BIOTECHNOLOGY, v. 8, JUN 18 2020. (18/04810-0, 12/22921-8, 16/05472-6, 16/19179-9, 17/50116-6)

MONTEIRO, LUMMY MARIA OLIVEIRA; SARAIVA, JOAO PEDRO; TOSCAN, RODOLFO BRIZOLA; STADLER, PETER F.; SILVA-ROCHA, RAFAEL; DA ROCHA, ULISSES NUNES. redicTF: prediction of bacterial transcription factors in complex microbial communities using deep learnin. ENVIRONMENTAL MICROBIOME, v. 17, n. 1, FEB 8 2022. (19/15675-0, 18/21133-2, 16/19179-9)

OLIVEIRA MONTEIRO, LUMMY MARIA; ARRUDA, LETICIA MAGALHAES; SANCHES-MEDEIROS, ANANDA; MARTINS-SANTANA, LEONARDO; DE FATIMA ALVES, LUANA; DEFELIPE, LUCAS; GUSTAVO TURJANSKI, ADRIAN; GUAZZARONI, MARIA-EUGENIA; DE LORENZO, VICTOR; SILVA-ROCHA, RAFAEL. Reverse Engineering of an Aspirin-Responsive Transcriptional Regulator in Escherichia coli. ACS SYNTHETIC BIOLOGY, v. 8, n. 8, p. 1890-1900, AUG 2019. (16/19179-9, 17/17924-1, 16/06323-4, 18/04810-0, 15/04309-1, 12/22921-8)

OLIVEIRA MONTEIRO, LUMMY MARIA; ARRUDA, LETICIA MAGALHAES; SILVA-ROCHA, RAFAEL. Emergent Properties in Complex Synthetic Bacterial Promoters. ACS SYNTHETIC BIOLOGY, v. 7, n. 2, p. 602-612, FEB 2018. (16/19179-9, 12/22921-8)

NORA, LUISA CZAMANSKI; WESTMANN, CAUA ANTUNES; MARTINS-SANTANA, LEONARDO; ALVES, LUANA DE FATIMA; OLIVEIRA MONTEIRO, LUMMY MARIA; GUAZZARONI, MARIA-EUGENIA; SILVA-ROCHA, RAFAEL. The art of vector engineering: towards the construction of next-generation genetic tools. MICROBIAL BIOTECHNOLOGY, v. 12, n. 1, p. 23-pg., 2019-01-01. (16/05472-6, 16/06323-4, 17/17924-1, 16/19179-9, 16/03763-3, 12/22921-8, 15/04309-1)

SANCHES-MEDEIROS, ANANDA; OLIVEIRA MONTEIRO, LUMMY MARIA; SILVA-ROCHA, RAFAEL. Calibrating Transcriptional Activity Using Constitutive Synthetic Promoters in Mutants for Global Regulators in Escherichia coli. INTERNATIONAL JOURNAL OF GENOMICS, v. 2018, p. 10-pg., 2018-01-01. (16/19179-9, 12/22921-8, 15/22386-3)

Publicações acadêmicas

(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

MONTEIRO, Lummy Maria Oliveira. Desvendando as relações arquitetura/função de promotores bacterianos complexos utilizando abordagens de biologia sintética. 2020. Tese de Doutorado - Universidade de São Paulo (USP). Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (PCARP/BC) Ribeirão Preto.