Avaliação da endogamia e estudo de variantes funcionais usando sequenciamento completo do genoma de bovinos da raça Nelore

• Processo: 18/04313-7
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de julho de 2018
• Data de Término da vigência: 30 de setembro de 2019
• Área de conhecimento: Ciências Agrárias - Zootecnia - Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
• Pesquisador responsável: Maria Eugênia Zerlotti Mercadante
• Beneficiário: Ana Fabrícia Braga Magalhães
• Instituição Sede: Instituto de Zootecnia. Agência Paulista de Tecnologia dos Agronegócios (APTA). Secretaria de Agricultura e Abastecimento (São Paulo - Estado). Nova Odessa , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 17/10630-2 - Aspectos genéticos da qualidade, eficiência e sustentabilidade da produção de carne em animais da raça Nelore, AP.TEM
• Assunto(s): Genômica
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: deletérios | Genômica | homozigose | Análise de dados genômicos

Resumo

Altos níveis de endogamia na população podem aumentar a frequência de alelos deletérios combinados em homozigose e reduzir o valor adaptativo dos animais. Métodos tradicionais para calcular a endogamia utilizam apenas estimativas obtidas com informações de pedigree. Como a maioria dos pedigrees são incompletos, métodos que consideram a informação de marcadores moleculares de alta densidade têm sido utilizados para esse propósito. Nesse sentido, regiões do genoma em homozigose podem ser estudadas usando, por exemplo, "runs of homozigosity" (ROH), com o intuito de identificar os efeitos da endogamia sobre características produtivas. No entanto, espera-se que a ROH possa ser estimado com maior precisão usando dados de sequência completa do genoma, pois o uso de SNP chips podem superestimar ou subestimar o número de ROH. O objetivo desse projeto será calcular coeficientes de endogamia utilizando diferentes metodologias e realizar anotação funcional das variantes presentes nas regiões em homozigose, classificando-as como "deletérias" ou "tolerantes" no genoma de animais da raça Nelore, visando gerar informações que auxiliarão os programas de melhoramento genético a direcionarem o acasalamento desses animais. Para isso, 50 animais com sequenciamento completo do genoma serão utilizados para estimar a homozigosidade baseada na ROH - FROH, na matriz de relação genômica (FGRM), no excesso de homozigosidade (FHOM) e na correlação dos gametas que se unem (FUNI). As ilhas de ROH (regiões comuns de autozigosidade) serão identificadas por um coeficiente de autozigose e as variantes funcionais presentes nas ilhas serão estudadas usando a ferramenta VEP (preditor do efeito da variante) do software ENSEMBL. Os escores SIFT também serão utilizados para classificar as mutações como "deletérias" ou "tolerantes".

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

BENFICA, LORENA FERREIRA; SAKAMOTO, LEANDRO SANNOMIYA; BRAGA MAGALHAES, ANA FABRICIA; VARGAS DE OLIVEIRA, MATHEUS HENRIQUE; DE ALBUQUERQUE, LUCIA GALVAO; CAVALHEIRO, ROBERTO; BRANCO, RENATA HELENA; DOS SANTOS GONCALVES CYRILLO, JOSLAINE NOELY; ZERLOTTI MERCADANTE, MARIA EUGENIA. Genetic association among feeding behavior, feed efficiency, and growth traits in growing indicine cattle. JOURNAL OF ANIMAL SCIENCE, v. 98, n. 11, NOV 2020. (17/10630-2, 18/04313-7, 17/50339-5, 18/17313-5)

BRAGA MAGALHAES, ANA FABRICIA; ZERLOTTI MERCADANTE, MARIA EUGENIA; DOS SANTOS SILVA, DANIELLY BERALDO; FERNANDES JUNIOR, GERARDO ALVES; HERRERA RIOS, ANA CRISTINA; MACEDO MOTA, LUCIO FLAVIO; ALBUQUERQUE, LUCIA GALVAO. Study of functional variants in homozygous islands in Nelore cattle. JOURNAL OF ANIMAL SCIENCE, v. 97, p. 2-pg., 2019-12-01. (17/10630-2, 18/04313-7)