Visualização do relevo de superfícies de energia de macromoléculas biológicas

• Processo: 18/18668-1
• Modalidade de apoio: Bolsas no Exterior - Pesquisa
• Data de Início da vigência: 01 de janeiro de 2019
• Data de Término da vigência: 30 de junho de 2019
• Área de conhecimento: Ciências Exatas e da Terra - Física
• Pesquisador responsável: Vitor Barbanti Pereira Leite
• Beneficiário: Vitor Barbanti Pereira Leite
• Pesquisador Anfitrião: José Nelson Onuchic
• Instituição Sede: Instituto de Biociências, Letras e Ciências Exatas (IBILCE). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de São José do Rio Preto. São José do Rio Preto , SP, Brasil
• Instituição Anfitriã: Rice University, Estados Unidos
• Assunto(s): Biofísica Cromatina Dobramento de proteína Energia de superfície Macromolécula
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: cromatina | energy landscape | Enovelamento de proteínas | modelos simplificados | Biofísica

Resumo

A abordagem do relevo de superfícies de energia (energy landscapes) tem contribuído significativamente para o entendimento de sistemas moleculares complexos, tais como o problema do enovelamento de proteína. Neste cenário, modelos minimalistas e simplificados têm desempenhado um papel fundamental. Este projeto será focado em macromoléculas biológicas, em que estudaremos o energy landscape de proteínas e cromatinas utilizando modelos computacionais simplificados (coarse-grained models) e abordagens de física estatística. A ideia central está relacionada à visualização da superfície de energia explorando uma técnica desenvolvida pelo nosso grupo no IBILCE-UNESP. Este método, chamado Energy Landscape Visualization Method (ELViM), foi concebido para visualização do funil de enovelamento de proteínas, e apresenta grande potencial de detalhamento dos mecanismos moleculares por ir além da representação unidimensional. Estenderemos esta metodologia para ser aplicada a sistemas mais complexos e desafiadores. Os tópicos a serem abordados são: (i) visualização das superfícies de energia de proteínas sem estrutura nativa definida, que são as proteínas intrinsecamente desordenadas (IDPs); (ii) visualização das superfícies de energia de proteínas envolvendo nós topológicos e envolvendo backtracking e (iii) estudo de cromatinas. Paralelamente a estes objetivos específicos, parcerias de colaboração de longo prazo também deverão ser elaboradas. (AU)

Publicações científicas

(8)

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

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