Análise comparativa de genomas de quatro isolados de Xanthomonas albilineans e prospecção de genes alvo para estudo de associação a fenótipos conhecidos

• Processo: 18/24646-0
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado Direto
• Data de Início da vigência: 01 de março de 2019
• Data de Término da vigência: 31 de julho de 2021
• Área de conhecimento: Interdisciplinar
• Pesquisador responsável: Marie-Anne Van Sluys
• Beneficiário: Raquel Paulini Miranda
• Instituição Sede: Instituto de Biociências (IB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 16/17545-8 - Contribuição de genes, genomas e elementos de transposição na interação entre plantas e micro-organismos: estudo de caso em cana-de-açúcar, AP.BIOEN.TEM
• Assunto(s): Biologia computacional Genômica comparativa Genótipo Fenótipo Xanthomonas
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: bioinformática | genômica comparativa | Xanthomonas albilineans | Bioinformática

Resumo

Xanthomonas albilineans é o agente responsável pela escaldadura das folhas em cana-de-açúcar. Esta cultura representa uma das culturas relevantes do agronegócio brasileiro por ser uma comódite importante no cenário mundial. Quatro isolados do campo foram sequenciados em parceria estabelecida em 2015 entre a Dra. Silvana Creste (IAC) e Dra. Marie-Anne Van Sluys. Análises preliminares desses isolados bacterianos revelaram a presença de segmentos genômicos únicos a cada isolado, bem como regiões altamente conservadas. Baseado nos dados reunidos e em análises de bioinformática - clusterização de genomas, análise de máxima entropia, análises de repertórios gênicos e outras - propomos a realização de um estudo comparativo entre os diferentes isolados. O estudo proposto visa à caracterização e a prospecção de sequências para posteriores estudos de associação entre genótipo e fenótipos conhecidos - níveis de severidade de doença variáveis dentro de uma escala de sintomas. Este projeto de pesquisa está vinculado ao projeto temático FAPESP "GEMAC - Genes genomes and transposable elements contribuition to plant-microbe interaction: a sugarcane study case", processo 2016/17545-8. (AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

MIRANDA, RAQUEL P.; TURRINI, PAULA C. G.; BONADIO, DORA T.; ZERILLO, MARCELO M.; BERSELLI, ARTHUR P.; CRESTE, SILVANA; VAN SLUYS, MARIE-ANNE. Genome Organization of Four Brazilian Xanthomonas albilineans Strains Does Not Correlate with Aggressiveness. MICROBIOLOGY SPECTRUM, v. 11, n. 3, p. 17-pg., 2023-04-13. (08/52074-0, 18/23646-7, 19/05424-0, 18/24646-0, 16/17545-8)