Identificação de genes de células hospedeiras que afetam a retenção de mRNA e a função de Rev-RRE de HIV

• Processo: 19/09887-4
• Modalidade de apoio: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Doutorado Direto
• Data de Início da vigência: 08 de julho de 2019
• Data de Término da vigência: 07 de julho de 2020
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Microbiologia - Biologia e Fisiologia dos Microorganismos
• Pesquisador responsável: Edison Luiz Durigon
• Beneficiário: Flávio da Silva Mesquita
• Supervisor: Marie-Louise Hammarskjold
• Instituição Sede: Instituto de Ciências Biomédicas (ICB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Instituição Anfitriã: University of Virginia (UVa), Estados Unidos
• Vinculado à bolsa: 18/10913-7 - Desenvolvimento de uma nova estratégia de inibição in vitro de Zika Vírus e Influenza Vírus utilizando a técnica de edição de RNA CRISPR-Cas13 como alternativa de tratamento, BP.DD
• Assunto(s): Virologia Repetições palindrômicas curtas agrupadas e regularmente espaçadas RNA mensageiro Nanoporos Biologia computacional HIV
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Crispr | Hiv | mRNA | Rev | RNA retention | Sequencing | Virologia

Resumo

O projeto envolverá o uso de vários métodos biológicos moleculares e ferramentas de bioinformática para estudar o HIV. No Objetivo 1, métodos de sequenciamento de longa leitura usando tecnologia nanopore serão desenvolvidos para estudar diferentes isoformas de splicing expressas a partir de um novo vetor de HIV. O objetivo # 2 servirá para identificar os genes da célula hospedeira envolvidos na retenção nuclear de mRNAs do HIV, bem como genes hospedeiros que afetam positiva ou negativamente a função Rev. Rev é uma proteína de exportação nuclear viral que é conhecida por interagir com a proteína da célula hospedeira Crm1, que serve como uma proteína de exportação para proteínas, bem como mRNAs. Embora se saiba há muitos anos que o Rev promove a exportação nucleocitoplasmática de mRNAs do HIV, muitos aspectos da regulação da Rev são desconhecidos. Especificamente, no Objetivo # 1, vamos sequenciar e analisar todas as diferentes isoformas de mRNAs do HIV que são expressas a partir de um novo vetor baseado em HIV. No Objetivo 2, usaremos bibliotecas vetoriais Lentivirais CRISPR/Cas9 em conjunto com o novo sistema vetorial de HIV para identificar genes de células hospedeiras que estão envolvidos na retenção nuclear de mRNAs de HIV com introns retidos, assim como novos genes hospedeiros que estão envolvidos na Função Rev/RRE. (AU)