Predição dos valores genômicos utilizando modelos Bayesianos e de redes neurais para características de resistência a endoparasitas em ovinos Santa Inês

• Processo: 18/01540-2
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de agosto de 2019
• Data de Término da vigência: 31 de março de 2023
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Animal
• Pesquisador responsável: Claudia Cristina Paro de Paz
• Beneficiário: Luara Afonso de Freitas Januário
• Instituição Sede: Instituto de Zootecnia. Agência Paulista de Tecnologia dos Agronegócios (APTA). Secretaria de Agricultura e Abastecimento (São Paulo - Estado). Nova Odessa , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 16/14522-7 - Estudos genômicos associados às características de resistência a endoparasitas em ovinos Santa Inês, AP.TEM
• Bolsa(s) vinculada(s): 20/03575-8 - Aprendizagem de máquina para análises preditivas em ovinos Santa Inês: exemplo de aplicação para predizer animais resistentes, resilientes e susceptíveis, BE.EP.DR
• Assunto(s): Melhoramento genético animal Seleção genômica Predição de genes Ovinos Ovelha Santa Inês Parasitos Redes neurais (computação)
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: acurácia de predição | ganhos genéticos | Multilayer Perceptron | ovis aries | selecao genomica | Melhoramento Genético Animal

Resumo

Um dos problemas na produção de carne ovina está relacionado com a susceptibilidade aos endoparasitas gastrointestinais, resultando diminuição da produção. A contagem de ovos por grama de fezes (OPG) e Volume Globular (VG) são características utilizadas para avaliar a resistência de ovinos a endoparasitas gastrointestinais. Animais geneticamente resistentes são capazes de dificultar o estabelecimento dos parasitas e/ou eliminar os que se estabeleceram. As avaliações genéticas para a escolha desse tipo de animal podem ser feitas por meio dos modelos de predição genômica, que incluem a informação de marcadores moleculares. Assim, os objetivos do projeto de pesquisa serão (1) comparar modelos de predição genômica pelo método GBLUP, métodos Bayesianos (BayesA, BayesB e LASSO Bayesiano) e redes neurais artificiais quanto à acurácia de predição para os valores genômicos para contagem de ovos por grama de fezes e volume globular em ovinos da raça Santa Inês e (2) avaliar mudanças na acurácia de predição dos modelos em função da variação do conjunto de treinamento dos modelos de seleção genômica. Dessa forma, espera-se identificar animais geneticamente superiores para características avaliadas por meio do(s) modelo(s) que apresentará(ão) maiore(s) acurácias de predição para OPG e VG e espera-se verificar a possibilidade de se estabelecer um número mínimo de animais na população de treinamento em que será observado o platô das acurácias de predição. (AU)

Publicações científicas

(6)

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

OLIVEIRA, ELISA JUNQUEIRA; SAVEGNAGO, RODRIGO PELICIONI; FREITAS, ANIELLY DE PAULA; DE FREITAS, LUARA AFONSO; DE PAZ, ANA CAROLINA ALMEIDA ROLLO; EL FARO, LENIRA; SIMILI, FLAVIA FERNANDA; VERCESI FILHO, ANIBAL EUGENIO; DA COSTA, RICARDO LOPES DIAS; DE PAZ, CLAUDIA CRISTINA PARO. Genetic parameters for body weight and morphometric traits in Santa Ines sheep using Bayesian inference. Small Ruminant Research, v. 201, AUG 2021. (18/01540-2, 12/15982-0, 16/14522-7)

FREITAS, LUARA; SAVEGNAGO, RODRIGO; CARVALHO ALVES, ANDERSON A.; COSTA, RICARDO; ROSA, GUILHERME J. J. M.; PAZ, CLAUDIA. Classification Performance of Multinomial Logistic Regression for Identifying Resistance, Resilience, and Susceptibility to Gastrointestinal Nematode Infections in Sheep. JOURNAL OF ANIMAL SCIENCE, v. 100, p. 1-pg., 2022-09-22. (16/14522-7, 18/01540-2, 20/03575-8)

FREITAS, LUARA; FERREIRA, RAFAEL; SAVEGNAGO, RODRIGO; DOREA, JOAO R.; ROSA, GUILHERME J. J. M.; PAZ, CLAUDIA. Computer Vision System to Predict Famacha (c) Degree in Sheep from Ocular Conjunctiva Images. JOURNAL OF ANIMAL SCIENCE, v. 100, p. 1-pg., 2022-10-01. (16/14522-7, 18/01540-2, 20/03575-8)

MONTEIRO GAMA, MANUELA PIRES; SAVEGNAGO, RODRIGO PELICIONI; VENTURA, HENRIQUE TORRES; PEREIRA, MARIANA ALENCAR; FREITAS, LUARA AFONSO; PARO PAZ, CLAUDIA CRISTINA; EL FARO, LENIRA. stimates of genetic parameters, principal components and cluster analysis for milk yield and body weight in Guzera cattl. ANIMAL PRODUCTION SCIENCE, v. 62, n. 3, NOV 2021. (18/01540-2, 13/20091-0)

VILELA PIRES, BIANCA; DE FREITAS, LUARA AFONSO; VOLTARELI DA SILVA, GABRIELE; BRASIL GARCIA PIMENTA NEVES PEREIRA LIMA, SERGIO; DOS SANTOS GONCALVES CYRILLO, JOSLAINE NOELY; BONVINO STAFUZZA, NEDENIA; PEREIRA DE LIMA, MARIA LUCIA; PARO DE PAZ, CLAUDIA CRISTINA. Influence of calf vigour and suckling assistance from birth to weaning in Guzera beef cattle. ANIMAL PRODUCTION SCIENCE, v. 61, n. 8, MAR 2021. (19/10438-0, 17/50339-5, 18/01540-2)

DE FREITAS, LUARA AFONSO; SAVEGNAGO, RODRIGO PELICIONI; MENEGATTO, LEONARDO SARTORI; DO BEM, RICARDO DUTRA; STAFUZZA, NEDENIA BONVINO; ALMEIDA ROLLO DE PAZ, ANA CAROLINA; PIRES, BIANCA VILELA; DIAS DA COSTA, RICARDO LOPES; PARO DE PAZ, CLAUDIA CRISTINA. Cluster analysis to explore additive-genetic patterns for the identification of sheep resistant, resilient and susceptible to gastrointestinal nematodes. Veterinary Parasitology, v. 301, p. 5-pg., 2022-01-01. (16/14522-7, 18/01540-2, 12/15982-0)

Publicações acadêmicas

(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

JANUÁRIO, Luara Afonso de Freitas. Otimização da resistência a nematódeos gastrointestinais em ovinos Santa Inês: uma abordagem de seleção genômica, machine learning e análise de imagens. 2023. Tese de Doutorado - Universidade de São Paulo (USP). Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (PCARP/BC) Ribeirão Preto.