Detecção de variantes estruturais em dados de sequenciamento de nova geração em gado zebuíno

• Processo: 20/07051-3
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
• Data de Início da vigência: 01 de julho de 2020
• Data de Término da vigência: 30 de junho de 2022
• Área de conhecimento: Ciências Agrárias - Medicina Veterinária - Reprodução Animal
• Pesquisador responsável: José Fernando Garcia
• Beneficiário: Natália Fonseca Alves
• Instituição Sede: Faculdade de Medicina Veterinária (FMVA). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Araçatuba. Araçatuba , SP, Brasil
• Assunto(s): Produção animal Evolução fenotípica Estruturas genéticas Genômica Termotolerância Análise de sequência de DNA Gado Zebu Bos taurus
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Cnv | Gado indicino | Genoma | Produção | termotolerância | Genômica animal

Resumo

As (sub-)espécies bovinas taurina (Bos taurus) e zebuína (Bos indicus) estabeleceram uma relação muito íntima com os humanos há cerca de dez mil anos, a partir de sua domesticação. Produtos como o leite e carne são de grande importância para a nutrição e subsistência de bilhões de pessoas. Enquanto os zebuínos são extremamente adaptados ao clima (sub-)tropical e possuem resistência a enfermidades infecciosas e parasitárias, os taurinos são geralmente mais produtivos, adaptados a climas temperados e susceptíveis a doenças. Estas diferenças fenotípicas podem ser em parte explicadas por divergências na sequência de DNA entre as (sub-)espécies. Em particular, um tipo de variação do DNA capaz de produzir diferenças fenotípicas diretas entre animais é o chamado CNV (do inglês: Copy Number Variation), que consiste em duplicações ou deleções do DNA que variam entre poucas unidades até milhões de nucleotídeos. O mapeamento de CNVs em genomas de animais zebuínos por meio do uso de sequenciamento de nova geração (NGS - Next Generation Sequencing) é uma proposta interessante para se buscar variantes genéticas relacionadas à adaptação de bovinos ao calor e à resistência a patógenos. Diante do exposto, o presente projeto propõe a detecção de CNVs nos genomas de bovinos zebuínos. Os dados a serem utilizados neste projeto foram obtidos de trabalhos anteriores do nosso grupo de pesquisa (Brasil), de colaboradores (África) ou de repositórios públicos (Paquistão).

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

TRIGO, BEATRIZ BATISTA; ALVES, NATALIA FONSECA; MILANESI, MARCO; GARCIA, JOSE FERNANDO; TEREFE, ENDASHAW; HANOTTE, OLIVIER; TIJJANI, ABDULFATAI; UTSUNOMIYA, YURI TANI. A structural variant at ASIP associated with the darkness of hair coat is found in multiple zebu cattle populations. ANIMAL GENETICS, v. 54, n. 4, p. 5-pg., 2023-06-14. (20/07051-3)