Análise filogenética do SARS-CoV-2 na cidade de São Paulo

• Processo: 21/10241-1
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
• Data de Início da vigência: 01 de outubro de 2021
• Data de Término da vigência: 30 de setembro de 2022
• Área de conhecimento: Ciências da Saúde - Saúde Coletiva - Epidemiologia
• Acordo de Cooperação: MRC, UKRI ; Newton Fund, com FAPESP como instituição parceira no Brasil
• Pesquisador responsável: Ester Cerdeira Sabino
• Beneficiário: Camila Alves Maia da Silva
• Instituição Sede: Faculdade de Medicina (FM). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 18/14389-0 - Centro Conjunto Brasil-Reino Unido para Descoberta, Diagnóstico, Genômica e Epidemiologia de Arbovírus (CADDE), AP.TEM
• Assunto(s): Biologia molecular Filogenia Análise de sequência de DNA Genomas Coronavirus SARS-CoV-2 Transmissão de doenças São Paulo (SP)
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: análise filogenética | Coronavirus | SARS-CoV-2 | Sequenciamento Genético | Biologia Molecular

Resumo

Os conhecimentos sobre os mecanismos evolutivos do SARS-CoV-2 são importantes para compreender seu padrão de comportamento e, assim, mitigar a pandemia. A intensa dispersão do vírus torna mais difícil que ele seja controlado. Ao sequenciar um vírus e comparar as sequências geradas, com outras sequências disponíveis nos bancos de dados, é possível compreender suas origens, mecanismos de evolução, cadeias de transmissão, e então fornecer maior conhecimento que poderá ser utilizado para o controle e prevenção das infecções. Este estudo tem como objetivo realizar uma análise filogenética de genomas de SARS-CoV-2 gerados a partir de amostras de pacientes provenientes da Cidade de São Paulo, em adição a sequências genômicas disponibilizadas em bancos de dados. Os novos genomas serão gerados utilizando sequenciamento genômico de nova geração baseado em nanoporos ou Illumina e análise filogenética será realizada utilizando ferramentas de bioinformática. Espera-se como resultado compreender como se deu a transmissão epidêmica e a trajetória evolutiva das linhagens de SARS-CoV-2 na cidade de São Paulo. (AU)