Identificação de eQTL em músculo e fígado de suínos a partir da sequência de mRNA

• Processo: 21/11261-6
• Modalidade de apoio: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Mestrado
• Data de Início da vigência: 04 de fevereiro de 2022
• Data de Término da vigência: 03 de agosto de 2022
• Área de conhecimento: Ciências Agrárias - Zootecnia - Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
• Pesquisador responsável: Aline Silva Mello Cesar
• Beneficiário: Felipe André Oliveira Freitas
• Supervisor: Luiz Fernando Brito
• Instituição Sede: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALQ). Universidade de São Paulo (USP). Piracicaba , SP, Brasil
• Instituição Anfitriã: Purdue University, Estados Unidos
• Vinculado à bolsa: 21/01694-2 - Identificação de eQTL a partir do sequenciamento de RNAm de músculo e fígado de suínos, BP.MS
• Assunto(s): Biologia molecular Genômica funcional RNA mensageiro Polimorfismo de um único nucleotídeo Análise de sequência de RNA
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: expression quantitative trait loci | Genômica Funcional | mRNA | Snp | Genética, Biologia Molecular e Genômica Funcional

Resumo

Este projeto tem como objetivo identificar polimorfismos de nucleotídeo único (SNP) localizados em regiões codificantes do DNA, identificados a partir do sequenciamento completo do mRNA, e associá-los ao nível de expressão gênica em músculo e fígado de suínos alimentados com diferentes fontes de ácidos graxos. Um total de 72 suínos machos imunocastrados geneticamente magros foram usados em um estudo de 98 dias para avaliar os efeitos da inclusão de 3% de óleo de soja (SO), óleo de canola (CO) ou óleo de peixe (FO) nas dietas vs. dieta comercial padrão com 1,5% SO (controle) sobre o desempenho de crescimento, características de carcaça e qualidade da carne do músculo longissimus lumborum (LL). Os porcos foram agrupados por peso corporal inicial (PV; 28,44 ± 2,95 kg) e atribuídos a um de quatro tratamentos, com seis baias replicadas por tratamento e três porcos por baias. Os animais foram abatidos com peso vivo médio de 132,7 ± 10,9 kg. Posteriormente, amostras de tecido muscular e hepático foram coletadas para extração e sequenciamento do mRNA. Posteriormente, uma análise de associação dos eQTLs com características de desempenho (por exemplo, peso vivo, rendimento de carcaça, gordura intramuscular, área de olho de lombo e espessura de gordura) será realizada com base em diferentes métodos estatísticos. Uma abordagem de genômica quantitativa para resumir os achados deste estudo e integrar os resultados em métodos de predição genômica será proposta. Em suma, este projeto contribuirá para o avanço do conhecimento e desenvolvimento de ferramentas práticas na área de genômica funcional da qualidade da carne suína e utilização de nutrientes em suínos. (AU)