Avaliação dos efeitos de parâmetros de simulação em docking molecular

• Processo: 22/00562-8
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
• Data de Início da vigência: 01 de fevereiro de 2022
• Data de Término da vigência: 31 de dezembro de 2022
• Área de conhecimento: Engenharias - Engenharia Química
• Pesquisador responsável: Pedro de Alcântara Pessôa Filho
• Beneficiário: Pedro Henrique Callil Soares
• Instituição Sede: Escola Politécnica (EP). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 14/21252-0 - Equilíbrio e processos de produção de biocombustíveis e bioprodutos, AP.TEM
• Assunto(s): Macromolécula Avaliação Simulação de dinâmica molecular Simulação de acoplamento molecular Estudo comparativo
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: docking molecular | simulação molecular | Simulação Molecular

Resumo

Docking molecular é uma técnica de simulação molecular que visa a predição da conformação e afinidade da ligação entre uma macromolécula (o receptor) e uma pequena molécula (o ligante), encontrando aplicações nas indústrias farmacêutica e alimentícia, entre outras. Em comparação com outras técnicas de simulação molecular, como a dinâmica molecular, é consideravelmente mais rápida, ao se utilizar de diversas simplificações. Entretanto, apresenta menor exatidão, já que apresenta menor fidelidade aos princípios físicos. Assim, devem ser tomados alguns cuidados para a escolha das simplificações adotadas (como a rigidez do receptor e ligante) e as moléculas em questão devem ser tratadas adequadamente (com a adição de cargas de maneira correta, protonação dos sítios ativos do receptor, adição ou deleção de átomos de hidrogênio, entre outros fatores). Além disso, o algoritmo utilizado pode vir a ter importância, então o software deve ser escolhido de maneira adequada. O projeto visa adotar pares receptor-ligante de um conjunto pré-definido, com conformações conhecidas, e fazer para cada par diversas simulações de docking, modificando os parâmetros e simplificações de cada simulação e verificando as diferenças encontradas nos resultados.(AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

CALLIL-SOARES, PEDRO HENRIQUE; BIASI, LILIAN CAROLINE KRAMER; PESSOA FILHO, PEDRO DE ALCANTARA. Effect of preprocessing and simulation parameters on the performance of molecular docking studies. Journal of Molecular Modeling, v. 29, n. 8, p. 15-pg., 2023-08-01. (22/00562-8, 14/21252-0, 21/09028-1)