Desenvolvimento e aplicação de pipelines de bioinformática para análise metagenômica viral em amostras clínicas

• Processo: 22/00910-6
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
• Data de Início da vigência: 01 de março de 2022
• Data de Término da vigência: 31 de dezembro de 2022
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Molecular e de Microorganismos
• Pesquisador responsável: Svetoslav Nanev Slavov
• Beneficiário: Gabriel Montenegro de Campos
• Instituição Sede: Hemocentro de Ribeirão Preto. Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto da USP (HCMRP). Secretaria da Saúde (São Paulo - Estado). Ribeirão Preto , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 17/23205-8 - Avaliação do impacto de vírus emergentes e re-emergentes em hemoterapia e transplante de células-tronco por meio de técnicas moleculares avançadas, AP.JP
• Assunto(s): Biologia computacional Genética molecular Filogenia Metagenômica
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Classificação taxonômica | Diversidade viral | Metagenômica viral | Montagem de Genomas | Pipelines | Virus Emergentes | Virologia Clínica

Resumo

Os métodos metagenômicos são uma das ferramentas mais sensíveis para identificação de vírus emergentes. Com o advento das tecnologias de sequenciamento de última geração, a diversidade do software que é utilizado para a análise dos dados tem crescido significativamente. A análise bioinformática dos dados de sequenciamento de última geração ainda apresenta um desafio para interpretação correta dos dados obtidos devido a variabilidade dos programas utilizados para classificação taxonômica. Portanto, este Projeto tem como objetivo desenvolver e padronizar uma pipeline para metanálise de vírus a partir de dados de sequenciamento obtidos de diversas amostras clínicas (plasma de pacientes com câncer de próstata, doenças febris não identificadas e catadores de lixo). Ao mesmo tempo, serão conduzidas em paralelo comparações com outros programas de bioinformática e principalmente classificadores taxonômicos virais. Concomitantemente serão feitos ajustes nos bancos de dados dos classificadores uma vez que eles apresentam alta variabilidade dos dados taxonômicos virais disponíveis. Feito isso, será feita a montagem dos vírus identificados com importância clínica e os mesmos serão submetidos a análise filogenética com o intuito de investigar a epidemiologia molecular dos mesmos. Esse projeto permitirá a ter uma visão mais profunda no metaviroma de diversos grupos de pacientes. (AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

ZANETTE, DALILA LUCIOLA; COELHO, KAROLINE BRITO CAETANO ANDRADE; DE CARVALHO, ENEAS; AOKI, MATEUS NOBREGA; NARDIN, JEANINE MARIE; LALLI, LARISSA ARAUJO; BEZERRA, RAFAEL DOS SANTOS; GIOVANETTI, MARTA; ZUCHERATO, VICTORIA SIMIONATTO; DE CAMPOS, GABRIEL MONTENEGRO; et al. Metagenomic insights into the plasma virome of Brazilian patients with prostate cancer. MOLECULAR & CELLULAR ONCOLOGY, v. 10, n. 1, p. 9-pg., 2023-12-31. (19/08528-0, 22/00910-6, 17/23205-8, 20/13194-1)