Estudo computacional da estabilidade da estrutura secundária de peptídeos em misturas de solventes

• Processo: 23/03308-8
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
• Data de Início da vigência: 01 de abril de 2023
• Situação: Interrompido
• Área de conhecimento: Ciências Exatas e da Terra - Química - Físico-química
• Pesquisador responsável: Leandro Martinez
• Beneficiário: Lucas Verona de Araujo
• Instituição Sede: Instituto de Química (IQ). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Campinas , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 13/08293-7 - CECC - Centro de Engenharia e Ciências Computacionais, AP.CEPID
• Assunto(s): Biofísica Simulação de dinâmica molecular Estabilidade Estrutura Peptídeos Simulação
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Biofísica | Dinâmica Molecular | estabilidade | Estrutura | peptídeos | Simulações | Simulações de dinâmica molecular

Resumo

A estrutura de proteínas e seus mecanismos de enovelamento dependem do ambiente molecular e são sensíveis a pequenas variações de temperatura, pressão e presença de moléculas orgânicas, conhecidas como cossolventes. O TMAO e a ureia são dois cossolventes cujos efeitos sobre a estabilidade das estruturas das proteínas são bastante conhecidos, mas os mecanismos moleculares subjacentes ainda não são completamente compreendidos. Neste projeto, pretende-se introduzir o estudante às simulações por dinâmica molecular, utilizando técnicas de amostragem ampliada para estudar o enovelamento de peptídeos com diferentes elementos de estruturas secundárias (alfa-hélices e folhas-beta) em soluções aquosas com cossolventes. Os efeitos dos solventes serão analisados utilizando as funções de distribuição de mínima-distância (MDDF) e a teoria de Kirkwood-Buff, buscando comparar os resultados obtidos com os parâmetros experimentais.