Identificação de assinatura molecular baseada em RNAs não codificantes para detecção precoce de Câncer de Pulmão

• Processo: 23/03918-0
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado Direto
• Data de Início da vigência: 01 de outubro de 2023
• Data de Término da vigência: 31 de julho de 2026
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Humana e Médica
• Pesquisador responsável: Letícia Ferro Leal
• Beneficiário: Giovanna Maria Stanfoca Casagrande
• Instituição Sede: Hospital do Câncer de Barretos. Fundação Pio XII (FP). Barretos , SP, Brasil
• Bolsa(s) vinculada(s): 25/09594-8 - Caracterização molecular de redes de circRNA e miRNA em células de resistência ao adagrasib, BE.EP.DD
• Assunto(s): Oncologia molecular Neoplasias pulmonares Biomarcadores Biópsia líquida MicroRNAs RNAs não codificadores
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: biomarcadores | Biópsia líquida | CircRNA | Cpnpc | microRNA | Oncologia Molecular

Resumo

O câncer de pulmão é o tipo tumoral mais incidente em todo o mundo e o mais letal. Programas de rastreamento têm sido implantados no mundo todo na tentativa de reduzir as taxas de mortalidade pelo câncer de pulmão. Atualmente, estratégias baseadas na análise de fluidos corpóreos (biópsia líquida) vêm sendo cada vez mais utilizadas, porém, a aplicação deste tipo de análise em programas de rastreamento permanece incipiente. A detecção de RNAs não codificantes (ncRNAs) livres circulantes em amostras de plasma, soro, urina e saliva, mostra-se promissora graças à estabilidade destas moléculas em diferentes fluidos corpóreos. Objetivo: Identificar uma assinatura molecular baseada em miRNA/circRNA para rastreamento e detecção precoce de câncer de pulmão em amostras obtidas por meio de procedimentos minimamente invasivos. Materiais e métodos: Serão avaliadas amostras de plasma de um grupo de indivíduos controles (n=60) e um grupo de casos (n=60) diagnosticados com câncer de pulmão de não pequenas células (NSCLC), ambos atendidos pelo programa de rastreamento de câncer de pulmão em unidade móvel do Hospital de Câncer de Barretos ou na unidade fixa do Hospital de Câncer de Barretos. Além disso, será analisada uma coorte proveniente do Hospital Quirón Dexeus (Barcelona - Espanha), contando com 86 amostras de câncer (CPNPC) e 100 indivíduos saudáveis e/ou com nódulos benignos, e uma coorte de validação com 53 amostras de câncer e 124 amostras de indivíduos com nódulos benignos, todos provenientes do Hospital de Câncer de Barretos. Todas as amostras de plasma serão submetidas a extração de RNA seguido por análise do perfil de expressão de ncRNAs (miRNA e circRNA), utilizando a plataforma NanoString. As contagens dos ncRNAs serão normalizados e filtrados pelo software R Studio, utilizando como critérios p<0,05 e fold-change<1,3. O desenvolvimento da assinatura molecular dos ncRNAs será realizada usando aprendizado de máquina (ML) empregando a Eliminação de Recursos Recursivos e a acurácia das assinaturas serão determinadas pela Área Sob a Curva ROC (> 0,70). Resultados parciais: Como resultado entre a comparação de amostras de plasma (Brasil) de indivíduos com câncer e controles, sete miRNAs foram diferencialmente expressos. Entre esses sete miRNAs, três miRNAs apresentaram alta acurácia. Como resultado entre a comparação de um subset das amostras de escarro de indivíduos com câncer e controles, três miRNAs foram diferencialmente expressos. Para um subset de amostras de plasma das coortes independentes (Espanha), seis circRNAs foram diferencialmente expressos. Próximas etapas: i) Dar andamento à análise de expressão diferencial de miRNAs nas amostras de escarro; ii) Iniciar a análise de expressão diferencial de circRNA em escarro; iii) Desenvolver a assinatura de ncRNAs (circRNA + miRNA) para diagnóstico precoce de câncer de pulmão utilizando amostras de plasma e/ou amostras de escarro; iv) Validar a assinatura obtida em amostras das coortes independentes. (AU)