Estudos in silico de interação de peptídeos antimicrobianos com proteínas de microrganismos por abordagens de "Target Fishing" e "Docking"

• Processo: 24/09317-1
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
• Data de Início da vigência: 01 de outubro de 2024
• Data de Término da vigência: 30 de setembro de 2025
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica
• Pesquisador responsável: Katia da Conceição
• Beneficiário: Gabriele Santos Cepinho
• Instituição Sede: Instituto de Ciência e Tecnologia (ICT). Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP). Campus São José dos Campos. São José dos Campos , SP, Brasil
• Assunto(s): Catepsinas Análise in silico Peptídeos catiônicos antimicrobianos
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: catepsinas | Cecropina | In silico | peptídeos antimicrobianos | Bioquímica de peptídeos

Resumo

Infecções causadas por bactérias resistentes a antibióticos estão entre as principais causas de morte de pessoas de todas as idades, segundo estudo global sobre resistência antimicrobiana (AMR). Peptídeos e peptidomiméticos ressurgem como candidatos no desenvolvimento de estratégias terapêuticas devido à sua especificidade e baixa toxicidade. Nesse contexto, uma estratégia para o projeto e otimização de peptídeos/peptidomiméticos combina abordagens computacionais, desde bioinformática estrutural até simulações atomísticas. No presente projeto, novos peptídeos desenhados a partir das sequências de cecropinas e catepsinas com potencial atividade de amplo espectro e penetração celular serão investigados quanto a sua capacidade de ligação com proteínas. Um sistema guiado por banco de dados computacional de análise e modificação racional será utilizado para otimizar a estrutura desses peptídeos, visando melhorar sua eficácia e seletividade. Serão então investigados, por meio do método de "pesca de alvo" ("target fishing"), os possíveis alvos moleculares proteicos de ligação com os peptídeos selecionados, utilizando diferentes servidores da Web. A estabilidade e afinidade de ligação peptídeo-proteína alvo serão avaliadas por meio de avaliação de interação ("docking") molecular. Com base nas informações obtidas, será conduzida uma análise aprofundada com base na literatura, visando categorizar e examinar os alvos identificados e entender melhor os mecanismos envolvidos nas atividades dos peptídeos selecionados.