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Técnicas de análise de imagens: integração, implementação e aplicação a bioinformática

Processo: 01/09335-8
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
Vigência (Início): 01 de novembro de 2001
Vigência (Término): 31 de dezembro de 2003
Área do conhecimento:Ciências Exatas e da Terra - Ciência da Computação - Sistemas de Computação
Pesquisador responsável:Luciano da Fontoura Costa
Beneficiário:Ricardo Fabbri
Instituição-sede: Instituto de Física de São Carlos (IFSC). Universidade de São Paulo (USP). São Carlos , SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:99/12765-2 - Desenvolvimento e avaliação de métodos originais e precisos em análise de formas e imagens e visão computacional, AP.TEM
Assunto(s):Análise de imagens   Biologia computacional   Visão computacional   Reconhecimento de padrões   Morfologia matemática

Resumo

Este trabalho visa integrar, implementar e aplicar à bioinformática diversas técnicas de análise de imagens, em especial aquelas ligadas a outros projetos do Grupo de Pesquisa em Visão Cibernética. As técnicas enfatizadas incluem esqueletos, representações multi-escala, curvatura e diversas outras provenientes da morfologia matemática. A partir da implementação dessas ferramentas de processamento e análise de imagens, será aprimorada a SIP toolbox (Scilab Image Processing Toolbox). SIP já foi anteriormente criada pelo aluno para o Scilab, um software livre semelhante ao Matlab. Os conceitos estudados e implementados na toolbox serão aplicados a imagens de arrays de DNA (ou biochips). Arrays de DNA são recentes experimentos biotecnológicos que permitem medir a expressão de milhares de genes simultaneamente. Os softwares para a análise de biochips não são totalmente automáticos, necessitando de considerável intervenção humana. A dificuldade vem do fato de as imagens de arrays serem extremamente irregulares, com alta variação de luminosidade. Estudar uma solução para facilitar a segmentação e outras etapas de análise dessas imagens constitui o objetivo prático deste projeto, tendo o aluno já obtido alguns resultados preliminares. (AU)