Uma abordagem computacional para a identificacao de alvos terapeuticos com base nos dados de transcriptomas e proteomas de tecidos tumorais.

• Processo: 05/51467-0
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de outubro de 2005
• Data de Término da vigência: 31 de julho de 2006
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Molecular e de Microorganismos
• Pesquisador responsável: Eloiza Helena Tajara da Silva
• Beneficiário: Nelson José Freitas da Silveira
• Instituição Sede: Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto (FAMERP). Secretaria de Desenvolvimento Econômico (São Paulo - Estado). São José do Rio Preto , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 04/12054-9 - Busca de marcadores de agressividade em tumores de cabeça e pescoço, AP.TEM
• Assunto(s): Biologia computacional Proteômica Desenho de drogas Expressão gênica Marcador molecular
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Analise Proteomica | Bioinformatica | Desenho De Drogas | Expressao Genica | Interacao Proteina-Ligante | Marcadores Moleculares

Resumo

O presente projeto tem como objetivo criar um banco de dados local com resultados de SAGE, microarranjos e proteômica e desenvolver algoritmos para busca de diferenças de expressão comuns a esses três sistemas em tumores de cabeça e pescoço, gástricos e de sistema nervoso. Os resultados, a serem apresentados em uma página web, permitirão a seleção, pelo usuário, de genes com expressão baixa ou elevada nesses tumores e revelar padrões metabólicos e de sinalização importantes para o desenho de alvos terapêuticos. Além disso, será criada uma base de dados de ligantes para análises, por screening virtual, de interações de proteínas de interesse com ligantes. Os resultados permitirão a investigação de drogas para os marcadores selecionados no presente projeto e para outras proteínas, como PNP e CDKs humanas, utilizando simulações de docking. (AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

SILVEIRA, NELSON J. F.; VARUZZA, LEONARDO; MACHADO-LIMA, ARIANE; LAURETTO, MARCELO S.; PINHEIRO, DANIEL G.; RODRIGUES, RODRIGO V.; SEVERINO, PATRICIA; NOBREGA, FRANCISCO G.; SILVA, JR., WILSON A.; PEREIRA, CARLOS A. DE B.; et al. Searching for molecular markers in head and neck squamous cell carcinomas (HNSCC) by statistical and bioinformatic analysis of larynx-derived SAGE libraries. BMC MEDICAL GENOMICS, v. 1, NOV 11 2008. (07/50894-7, 05/51467-0, 04/12054-9)

SEVERINO, PATRICIA; BRUGGEMANN, HOLGER; ANDREGHETTO, FLAVIA MAZIERO; CAMPS, CARME; GARRIDO KLINGBEIL, MARIA DE FATIMA; DE PEREIRA, WELBERT OLIVEIRA; SOARES, RENATA MACHADO; MOYSES, RAQUEL; WUENSCH-FILHO, VICTOR; MATHOR, MONICA BEATRIZ; et al. MicroRNA expression profile in head and neck cancer: HOX-cluster embedded microRNA-196a and microRNA-10b dysregulation implicated in cell proliferation. BMC CANCER, v. 13, NOV 9 2013. (05/51467-0, 09/04166-5)

JOSE FREITAS DA SILVEIRA‚ N.; EDUARDO BONALUMI‚ C.; ANDRADE ARCURI‚ H.; FILGUEIRA DE AZEVEDO JUNIOR‚ W.. Molecular Modeling Databases: A New Way in the Search of Protein Targets for Drug Development. Current Bioinformatics, v. 2, n. 1, p. 1-10, 2007. (01/07532-0, 02/04383-7, 04/00217-0, 02/10239-6, 99/12622-7, 05/51467-0)