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Sequenciamento parcial de fragmentos cromossômicos de Leifsonia xyli subsp. cynodontis: uma análise genômica macro comparativa com Leifsonia xyli subsp. xyli

Processo: 02/11592-1
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Mestrado
Vigência (Início): 01 de abril de 2003
Vigência (Término): 31 de março de 2005
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Genética - Genética Molecular e de Microorganismos
Pesquisador responsável:Claudia Barros Monteiro Vitorello
Beneficiário:Marcelo Marques Zerillo
Instituição-sede: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALQ). Universidade de São Paulo (USP). Piracicaba , SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:01/12613-0 - Análise comparativa e funcional dos genomas de Leifsonia xyli subsp. xyli e Leifsonia xyli subsp. cynodontis, AP.JP
Assunto(s):Análise de sequência de DNA   Genomas   Raquitismo das soqueiras   Leifsonia xyli

Resumo

Leifsonia xyli compreende duas subespécies: Leifsonia xyli subsp. xyli (Lxx) e Leifsonia xyli subsp. cynodontis (Lxc). O genoma completo de Lxx foi seqüenciado por laboratórios da rede AEG/ONSA/Fapesp. Lxx causa o raquitismo da soqueira em cana-de-açúcar. Lxc retarda o crescimento de gramíneas do gênero Cynodon e também pode colonizar o xilema de cana, mas não provoca doença. As duas subespécies são relacionadas quando avaliadas filogeneticamente e por análises bioquímicas. Considerando-se que ambas as bactérias devam possuir genótipos com alto grau de identidade e que fenótipos virulentos podem ser determinados por poucos genes, seria de grande importância o estudo comparativo dos seus respectivos genomas. Elementos transponíveis (TE) podem participar de rearranjos genômicos e estar associados a genes de virulência. Resultados preliminares da anotação do genoma de Lxx indicaram a presença de pelo menos cinco grupos de TEs. Temos como objetivo analisar a distribuição e natureza de TEs (ISs e transposons) no genoma de ambas as subespécies citadas, devido a provável participação de tais elementos no comportamento diferencial destas bactérias quanto a patogenicidade. As metas serão alcançadas através da construção de uma biblioteca em BAC do genoma Lxc com insertos entre 50 e 120 Kb, representando pelo menos 10 vezes o genoma de Lxc, num total de 250 clones. As extremidades dos clones deverão ser seqüenciadas e mapeadas no genoma de Lxx. (AU)