Métodos e ferramentas para comparação dos genomas Xylella fastidiosa e Xanthomonas axonopodis pv. citri

• Processo: 00/04776-3
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Mestrado
• Data de Início da vigência: 01 de julho de 2000
• Data de Término da vigência: 31 de março de 2002
• Área de conhecimento: Ciências Exatas e da Terra - Ciência da Computação - Teoria da Computação
• Pesquisador responsável: João Meidanis
• Beneficiário: Marcelo Cezar Pinto
• Instituição Sede: Instituto de Computação (IC). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Campinas , SP, Brasil
• Assunto(s): Biologia computacional Genômica comparativa Xylella fastidiosa Xanthomonas axonopodis Genoma Xanthomonas Genoma Xylella fastidiosa
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Biologia Computacional | Comparacao De Genoma | Projeto Genoma

Resumo

Um dos problemas de Biologia Computacional está relacionado à Comparação de Genomas (CG), que consiste em analisar e comparar sequências de ácidos nucleicos ou aminoácidos entre espécies. A CG busca desvendar as relações existentes entre diferentes espécies. A descoberta de genes ou porções semelhantes nos genomas pode indicar proximidade evolutiva ou regiões indispensáveis à existência da vida. Por outro lado, as diferenças podem relacionar o fenótipo de uma espécie com uma determinada região de seu genoma. Diante destas observações e da finalização recente do sequenciamento da bactéria Xylella fastidiosa (Xylella) e inicio do sequenciamento de Xanthomonas axonopodis pv. citri (Xantho), a comparação entre estas duas bactérias fitopatogênicas torna-se útil no contexto dos Projetos Genoma financiados pela FAPESP, tanto pela sua contribuição biológica, quanto pelo desenvolvimento, aplicação e validação de métodos computacionais relacionados a CG. Este projeto objetiva desenvolver e utilizar métodos e ferramentas que auxiliem a comparação dos genomas das bactérias Xylella e Xantho. Para isso, pretendemos construir um ambiente integrado que compare sequências de bases do DNA, sequências de aminoácidos, ordem das ORF e de segmentos conservados. Além disso, uma ferramenta para a visualização destas diferentes comparações também seria bem-vinda. Estes serão os primeiros passos na análise comparativa destes genomas. (AU)

Publicações acadêmicas

(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

PINTO, Marcelo Cezar. Um algoritmo para comparação sintatica de genomas baseado na complexidade condicional de Kolmogorov. 2002. Dissertação de Mestrado - Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Instituto de Computação Campinas, SP.