Anotacao de genes associados a aquisicao e metabolismo do ferro na bacteria xanthomonas axonopodis pv, citri, utilizando as ferramentas comutacionais blast e fasta.

• Processo: 00/06035-0
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Mestrado
• Data de Início da vigência: 01 de julho de 2000
• Data de Término da vigência: 31 de maio de 2002
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Molecular e de Microorganismos
• Pesquisador responsável: Tsai Siu Mui
• Beneficiário: Eduardo Fernandes Formighieri
• Instituição Sede: Centro de Energia Nuclear na Agricultura (CENA). Universidade de São Paulo (USP). Piracicaba , SP, Brasil
• Assunto(s): Biologia computacional Biologia molecular
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Biologia Computacional | Biologia Molecular

Resumo

Este plano de pesquisa apresenta duas linhas de atuação: a participação na anotação da bactéria Xanthomonas axonopodis pv. citri, através da anotação genética das ORFs (Open Reading Frames) pela resolução de perguntas, denominada anotação metabólica; e a prestação de serviços, através da bioinformática, ao desenvolvimento dos Projetos Genomas desenvolvidos no Laboratório de Biologia Celular e Molecular do CENA/USP (atualmente desenvolvendo os projetos Genoma Xanthomonas e Genoma Funcional - Xylella). A anotação consiste da postulação de função para as proteínas referentes às ORFs, e da organização destas informações para a submissão a um banco de dados genéticos. A anotação metabólica consistirá da pesquisa em bancos de dados bibliográficos internacionais de vias metabólicas relacionadas com aquisição e transporte de ferro em bactérias, das proteínas e dos genes envolvidos em sua síntese, e comparação com o genoma da Xanthomonas para identificar quais processos estão presentes ou ausentes no organismo. A contribuição aos projetos do laboratório incluirá pesquisas em bancos de dados genéticos, desenho de primers, montagen de fragmentos de DNA, submissão de informações e demais serviços relacionados à bioinformática que possam ser necessários. (AU)