Diversidade conformacional da hélice 12 do receptor PPARgamma e suas implicações funcionais

Autor(es)

Mariana Raquel Bunoro Batista

• Tipo de documento: Tese de Doutorado
• Imprenta: Campinas, SP.
• Instituição: Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Instituto de Química
• Data de defesa: 2016-05-19

Membros da banca

Leandro Martínez; Guilherme Martins Santos; Antonio José da Costa Filho; Ljubica Tasic; Nelson Henrique Morgon

• Orientador: Leandro Martínez

Resumo

Receptores nucleares (RN) são fatores de transcrição regulados pela interação com ligantes. Estruturalmente são formados por três domínios: um domínio N-terminal bastante variável, um domínio altamente conservado de ligação com o DNA (DBD) e um domínio C-terminal, menos conservado, denominado de domínio de ligação com o ligante (LBD). Diversos estudos mostram que a dinâmica da hélice C-terminal do LBD (H12) é um dos principais fatores no controle da atividade dos receptores nucleares. Na presença de ligantes agonistas, a H12 é estabilizada em uma conformação que favorece a interação com proteínas coativadoras. Por outro lado, na ausência de ligantes, a H12 é flexível e pode adotar diferentes conformações. Para fornecer uma descrição detalhada do equilíbrio conformacional da H12, simulações de dinâmica molecular do LDB do PPARgamma foram realizadas em diferentes condições: na presença e na ausência de ligante e ligado a peptídeos correguladores. Os perfis de energia livre da variabilidade conformacional da H12 foram obtidos a partir de cálculos ABF. Nossos resultados mostram que, na ausência de ligantes, múltiplas conformações da H12 são acessíveis, sendo a conformação ativa a de menor energia. A interação com o ligante estabiliza fortemente a conformação ativa da H12 em relação às demais estruturas, promovendo assim uma seleção conformacional. Efeito similar foi observado para o PPARgamma associado ao coativador. Por outro lado, a presença do peptídeo correpressor estabiliza conformações não acessíveis nos sistemas anteriores e, portanto, induz uma transição conformacional na proteína. Os mecanismos de dissociação da Rosiglitazona, um forte agonista do PPARgamma, também foi estudado neste trabalho. Dois caminhos de saída do ligante foram obtidos, ambos envolvendo rearranjos nas hélices H2, H2', H3 e no Omega-loop. Estes mecanismo são coerentes com resultados anteriores e mostram que a saída do ligante não exige o deslocamento da hélice 12 (AU)

• Processo FAPESP: 13/09465-6 - Simulações computacionais dos perfis de energia livre conformacional da hélice 12 de Receptores Ativados por Proliferadores de Peroxissomos
• Beneficiário: Mariana Raquel Bunoro Batista
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado