Associação genômica ampla (GWAS) aplicada a características reprodutivas de novilhas da raça Nelore

Autor(es)

Gerson Antônio de Oliveira Júnior

• Tipo de documento: Tese de Doutorado
• Imprenta: Pirassununga.
• Instituição: Universidade de São Paulo (USP). Faculdade de Zootecnica e Engenharia de Alimentos (FZE/BT)
• Data de defesa: 2017-03-24

Membros da banca

José Bento Sterman Ferraz; Roberto Carvalheiro; Aline Silva Mello Cesar; Daniel Jordan de Abreu Santos; Adam Taiti Harth Utsunomiya

• Orientador: José Bento Sterman Ferraz; Marcos Vinícius Gualberto Barbosa da Silva

Resumo

Considerando a importância econômica da precocidade sexual no sistema de produção de bovinos de corte, o objetivo deste estudo foi identificar regiões genômicas associadas a características reprodutivas tais como a prenhez precoce e número de folículos antrais em novilhas da raça Nelore, identificando processos biológicos envolvidos para um melhor entendimento da variabilidade fenotípica destas características. O banco de dados foi composto por 2.283 novilhas, filhas de 78 touros, provenientes de três fazendas comerciais do Brasil. Destas, 1.267 foram genotipadas com aproximadamente 74 K SNPs. Após análises de controle de qualidade, permaneceram informações de 1.255 animais e 64.800 marcadores. A informação genotípica de 42 touros também estava disponível e touros não genotipados com mais de 5 progênies genotipadas foram imputados para a mesma densidade de marcador das novilhas. Análises de associação genômica ampla (GWAS) foram utilizadas considerando uma metodologia Bayesiana (BayesB) para identificar potenciais janelas genômicas (~ 1 Mb) responsáveis pela explicação de ≥ 1% da variância genética das características. Essas regiões foram utilizadas para a pesquisa de genes bem como nas análises de enriquecimento utilizando os termos MeSH. Ainda, blocos haplotípicos dessas regiões genômicas foram ajustados como efeitos classificatórios no modelo BayesB, com o objetivo de estimar a influência de cada alelo dos touros heterozigotos sobre os fenótipos. Os coeficientes de herdabilidade preditos foram 0,28 ± 0,07 e 0,49 ± 0,09 para PP e NF, respectivamente, com correlação genética de -0,21 ± 0,29. Os resultados do GWAS apontaram janelas genômicas significativas nos cromossomos 5, 14 e 18 para PP e 2, 8, 11, 14, 15, 16 e 22 para NF. As análises de enriquecimento revelaram termos significativos (p < 0,05) associados com PP: Munc-18 Proteins, Fucose e Hemoglobins, e com NF: Cathepsin B, Receptors-Neuropeptide e Palmitic Acid. Um total de 15 alelos haplotípicos tiveram efeitos diferentes (p < 0,10) de sua cópia alternativa para PP e 16 para NF. As análises genômicas contribuíram para uma melhor compreensão da estrutura genética das características reprodutivas PP e NF, podendo colaborar com estratégias de seleção para melhoria dos índices reprodutivos de bovinos da raça Nelore. (AU)

• Processo FAPESP: 13/12097-9 - Associação genômica ampla (GWAS) aplicada a características reprodutivas de novilhas da raça Nelore
• Beneficiário: Gerson Antônio de Oliveira Júnior
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado