Investigação de variantes associadas com a úlcera de perna na anemia falciforme por meio de sequenciamento de exomas

Autor(es)

Gabriela Queila de Carvalho Siqueira

• Tipo de documento: Tese de Doutorado
• Imprenta: Campinas, SP.
• Instituição: Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Faculdade de Ciências Médicas
• Data de defesa: 2019-06-28

Membros da banca

Mônica Barbosa de Melo; Cristiane de Souza Rocha; Magnun Nueldo Nunes dos Santos; Anderson Ferreira da Cunha; Maria Stella Figueiredo

• Orientador: Mônica Barbosa de Melo

Resumo

Embora a anemia falciforme (AF) seja resultante de apenas uma troca de bases na posicao 7 do gene da ¿À-globina, os aspectos clinicos desta doenca sao muito heterogeneos. Varias complicacoes podem ocorrer, dentre elas destaca-se a ulcera de perna (UP), que exerce um impacto muito negativo na qualidade de vida dos pacientes e esta relacionada a gravidade da doenca. No entanto, a patogenese desta complicacao ainda nao foi totalmente elucidada. A fim de identificar novas variantes associadas com a UP na AF realizou-se o sequenciamento de exomas em uma amostra da populacao brasileira de pacientes com AF com e sem UP, sendo os resultados validados em uma outra populacao amostral brasileira. A coorte de descoberta consistiu, inicialmente, em 40 pacientes com AF nao aparentados baseando-se na abordagem de comparacao de fenotipos extremos: 20 pacientes sem UP com idade superior a 40 anos, e 20 com UP cronica, todos estes atendidos no Hemocentro da Unicamp, Campinas, SP, Brasil. O DNA foi extraido de leucocitos de sangue periferico e usado para fazer o sequenciamento de exomas. Apos a analise de bioinformatica (que seguiu o pipeline GATK), duas abordagens foram aplicadas para a selecao das variantes a serem validadas: a analise da literatura e menores p-valores. Ao todo, 12 variantes foram selecionadas, sendo uma delas, falso-positivo. As 11 variantes remanescentes foram genotipadas por meio de sequenciamento direto e genotipagem por sondas TaqMan na coorte de validacao, que consistiu em 293 pacientes com AF (destes, 153 sem UP) atendidos em centros no nordeste brasileiro: Fundacao de Hematologia e Hemoterapia da Bahia (HEMOBA) e de Pernambuco (HEMOPE). Apos a genotipagem na coorte de validacao, o teste exato de Fisher revelou diferenca estatistica em uma variante que promove um codon de parada prematuro (rs12568784 G/T) no gene FLG2. Tal associacao foi observada ao serem comparados os genotipos GT e GG entre casos e controles (p=0,03). A literatura fornece evidencias que fundamentam o envolvimento desta variante na UP na AF, uma vez que ela leva a perda de funcao da proteina filagrina-2, resultando no enfraquecimento da barreira da pele, predispondo o individuo a inflamacao e infeccao, o que dificultaria o fechamento de uma lesao . ulcera. Adicionalmente, sugere-se que as demais variantes e seus genes podem ser fortes candidatos para a UP na AF (AU)

• Processo FAPESP: 15/24029-3 - Investigação de genes de suscetibilidade à úlcera de perna em pacientes com anemia falciforme
• Beneficiário: Gabriela Queila de Carvalho Siqueira
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado Direto