Caracterização e modelagem de redes biológicas geográficas

Autor(es)

Matheus Palhares Viana

• Tipo de documento: Tese de Doutorado
• Imprenta: São Carlos.
• Instituição: Universidade de São Paulo (USP). Instituto de Física de São Carlos
• Data de defesa: 23-03-2011

Membros da banca

Luciano da Fontoura Costa; Luiz Antonio Baccala; André Carlos Ponce de Leon Ferreira de Carvalho; Alexandre Gonçalves Evsukoff; Roberto de Alencar Lotufo

• Orientador: Luciano da Fontoura Costa

Resumo

Nesta tese apresentamos uma metodologia de mapeamento capaz de gerar representações em termos de grafos para sistemas biológicos de conectividade complexa. Tais sistemas são inicialmente armazenados na forma de imagens digitais e em seguida submetidos a um pré-processamento com objetivo de padronizar as imagens. As imagens pré-processadas são então utilizadas para gerar modelos tridimensionais dos sistemas de interesse. Um algoritmo de propagação de rótulos é utilizado para extrair os esqueletos dos modelos volumétricos e estes esqueletos são por fim, representados por um grafo, composto por vértices e arestas. Os vértices e arestas desse grafo armazenam propriedades do sistema original, como posição, comprimento e diâmetro, bem como as características topológicas de tais sistemas. Finalmente, os grafos resultantes são estudados através da teoria das redes complexas, dentro de um contexto específico para cada sistema. Nossos procedimentos foram aplicados com sucesso a diferentes sistemas biológicos, como artérias caríotidas, árvores arteriais, estruturas mitocondriais e poros em amostras de solo. (AU)

• Processo FAPESP: 07/50882-9 - Caracterização e modelagem de redes biológicas
• Beneficiário: Matheus Palhares Viana
• Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Doutorado