Associação entre polimorfismos de base única e precocidade sexual em fêmeas da raça nelore

Resumo

As características reprodutivas estão relacionadas à eficiência econômica e à produtividade dos sistemas de criação de bovinos. A idade ao primeiro parto (IPP) e a ocorrência de prenhez precoce (OP) são empregadas em sistemas de melhoramento genético com a finalidade de antecipar a vida reprodutiva dos animais. A medida (r²) de desequilíbrio de ligação (LD) é empregada em estudos de associação genômica, para detecção de marcadores genéticos e genes que influenciam características quantitativas (quantitative trait loci: QTL). O objetivo deste estudo foi determinar o grau de desequilíbrio de ligação no genoma de fêmeas da raça Nelore e verificar a existência de associações entre polimorfismos de base única (SNP) e as características IPP e OP, utilizando um painel de SNPs de alta densidade. Foram utilizadas 1.182 fêmeas da raça Nelore nascidas em 2007 e 2008, pertencentes à Agropecuária Jacarezinho LTDA. Foram formados 13 grupos de contemporâneas (GC) constituídos por fazenda, estação e ano de nascimento, com média de 90 animais por grupo. Para o estudo de associação genômica, foram excluídos SNPs que apresentaram frequência do alelo menor (MAF) inferior a 0,05 e animais com Call Rate menor que 0,90, totalizando 431.885 SNPs. Para as análises estatísticas, foi utilizado um modelo linear para IPP e um modelo de limiar para OP. Para a estimativa da significância das associações, em ambas as características, o modelo incluiu como efeitos fixos classificatórios, o GC e os SNPs. Para estimativa do efeito de substituição alélica, foi utilizado o mesmo modelo considerando os SNPs como covariável. A correção de Bonferroni foi aplicada para ajustar o limite de significância (1,16x10-7). A média de LD (r²) para todos os autossomos foi de 0,18, a uma distância média de 4,8 kb, e a média da MAF foi de 0,25 ± 0,13. O LD diminuiu com o aumento da distância entre os marcadores. Níveis moderados de r² (0,21 a 0,35) foram encontrados a distâncias menores que 30 kb e menores níveis (0,12 a 0,18) foram observados de 30 a 100 kb. Foram detectadas onze associações significativas em sete cromossomos diferentes (BTA1, BTA4, BTA6, BTA11, BTA17, BTA21, BTA22). Destes, sete SNPs estavam associados à IPP e quatro estavam ligados à OP. Três SNPs foram significativos para ambas as características (BTA1, BTA21, BTA22). O cromossomo BTA21 apresentou dois SNPs relacionados à ocorrência de prenhez precoce. Dezenove cromossomos demonstraram potenciais regiões de QTL para IPP e OP. Os picos de SNPs significativos mais evidentes, que podem sugerir potenciais regiões de QTL, estavam localizados nos cromossomos BTA4, BTA6, BTA8, BTA17 e BTA19. A identificação de SNPs associados às características IPP e OP pode contribuir para seleção de animais com maior precocidade sexual.