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Genômica Comparada e a Evolução da Defesa Química em Anfíbios

Processo: 13/05958-8
Modalidade de apoio:Bolsas no Brasil - Doutorado
Data de Início da vigência: 01 de junho de 2013
Data de Término da vigência: 28 de fevereiro de 2018
Área de conhecimento:Ciências Biológicas - Zoologia
Pesquisador responsável:Taran Grant
Beneficiário:Denis Jacob Machado
Instituição Sede: Instituto de Biociências (IB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
Bolsa(s) vinculada(s):15/18654-2 - Sequenciamento genômico do sapo pé-de-pá-oriental, Scaphiopus holbrookii (Amphibia: Anura: Scaphiopodidade) e do sapo flamenguinho, Melanophryniscus moreirae (Amphibia: Anura: Bufonidae), BE.EP.DR
Assunto(s):Sequenciamento de nova geração   Filogenia   Defesa química
Palavra(s)-Chave do Pesquisador:defesa química | genoma completo | resistência fisiológica | sequenciamento de nova geração | sequestro de alcalóides | Sistemática filogenética | Genômica Comparada

Resumo

Esta proposta visa integrar técnicas de sequenciamento de próxima-geração ("next-generation sequencing", NGS) ao estudo da evolução da defesa química em anfíbios. Do ponto de vista da sistemática filogenética, o NGS possui o potencial para obtenção de filogenias mais bem suportadas, aumentando nossa capacidade de lidar com dificuldades causadas por poliploidia e hibridização e provendo novas opções para o estudo filogenético em diversos níveis taxonômicos. De uma perspectiva genômica, a análise comparada de rãs de veneno e outros anuros tem o potencial de identificar mudanças genéticas relacionadas à base molecular da defesa química em anfíbios (i.e., sequestro de alcaloides lipofílicos e resistência fisiológica), direcionando futuras pesquisas. Neste contexto, nós usaremos NGS (Illumina® HiSeqTM 2000) para gerar seis genomas nucleares completos de anuros com foco em rãs de veneno. Os dados assim obtidos serão empregados para: (1) identificar variações genéticas que possam estar associadas nos mecanismos de sequestro e resistência a alcaloides lipofílicos em rãs de veneno e (2) desenhar sondas que nos permitam empregar NGS na obtenção de loci específicos para o estudo da sistemática de anfíbios em diferentes níveis de divergência.

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Publicações científicas (6)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
MACHADO, DENIS JACOB. YBYRA facilitates comparison of large phylogenetic trees. BMC Bioinformatics, v. 16, . (12/10000-5, 13/05958-8, 09/13561-5)
MACHADO, D. J.; LYRA, M. L.; GRANT, T.. Mitogenome assembly from genomic multiplex libraries: comparison of strategies and novel mitogenomes for five species of frogs. MOLECULAR ECOLOGY RESOURCES, v. 16, n. 3, p. 686-693, . (12/10000-5, 13/05958-8)
MACHADO, DENIS JACOB; JANIES, DANIEL; BROUWER, CORY; GRANT, TARAN. A new strategy to infer circularity applied to four new complete frog mitogenomes. ECOLOGY AND EVOLUTION, v. 8, n. 8, p. 4011-4018, . (12/10000-5, 15/18654-2, 13/05958-8)
GRANT, TARAN; RADA, MARCO; ANGANOY-CRIOLLO, MARVIN; BATISTA, ABEL; DIAS, PEDRO HENRIQUE; JECKEL, ADRIANA MORIGUCHI; MACHADO, DENIS JACOB; RUEDA-ALMONACID, JOSE VICENTE. Phylogenetic Systematics of Dart-Poison Frogs and their Relatives Revisited (Anura: Dendrobatoidea). South American Journal of Herpetology, v. 12, n. 1, p. S1-S90, . (13/12280-8, 12/10000-5, 13/20420-4, 08/50928-1, 16/09999-9, 13/11793-1, 16/14552-3, 16/10749-7, 15/11239-0, 13/05958-8, 15/03395-1, 15/18654-2)
MACHADO, DENIS JACOB; DE LUNA MARQUES, FERNANDO PORTELLA; JIMENEZ-FERBANS, LARRY; GRANT, TARAN. An empirical test of the relationship between the bootstrap and likelihood ratio support in maximum likelihood phylogenetic analysis. CLADISTICS, . (18/15425-0, 15/18654-2, 13/05958-8, 12/10000-5)
GRANT, TARAN; RADA, MARCO; ANGANOY-CRIOLLO, MARVIN; BATISTA, ABEL; DIAS, PEDRO HENRIQUE; JECKEL, ADRIANA MORIGUCHI; MACHADO, DENIS JACOB; RUEDA-ALMONACID, JOSE VICENTE. Phylogenetic Systematics of Dart-Poison Frogs and their Relatives Revisited (Anura: Dendrobatoidea). South American Journal of Herpetology, v. 12, p. 90-pg., . (15/18654-2, 16/14552-3, 13/20420-4, 13/05958-8, 08/50928-1, 16/09999-9, 16/10749-7, 13/12280-8, 15/03395-1, 15/11239-0, 12/10000-5, 13/11793-1)
Publicações acadêmicas
(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)
MACHADO, Denis Jacob. Genômica comparada e a evolução da defesa química em anfíbios. 2018. Tese de Doutorado - Universidade de São Paulo (USP). Instituto de Matemática e Estatística (IME/SBI) São Paulo.