Sense overlapping transcripts in IS1341-type transposase genes are functional non-coding RNAs in archaea

Autor(es)

Gomes-Filho, Jose Vicente ^[1] ; Zaramela, Livia Soares ^[1] ; da Silva Italiani, Valeria Cristina ^[1] ; Baliga, Nitin S. ^[2] ; Vencio, Ricardo Z. N. ^[3] ; Koide, Tie ^[1]

Afiliação do(s) autor(es)

^[1] Univ Sao Paulo, Ribeirao Preto Med Sch, Dept Biochem & Immunol, BR-14049 Ribeirao Preto - Brazil

^[2] Inst Syst Biol, Seattle, WA - USA

^[3] Univ Sao Paulo, Dept Comp & Math, Fac Filosofia Ciencias & Letras Ribeirao Preto, BR-14049 Ribeirao Preto - Brazil

• Tipo de documento: Artigo Científico
• Fonte: RNA BIOLOGY; v. 12, n. 5, p. 490-500, MAY 4 2015.
• Citações Web of Science: 7

Resumo

The existence of sense overlapping transcripts that share regulatory and coding information in the same genomic sequence shows an additional level of prokaryotic gene expression complexity. Here we report the discovery of ncRNAs associated with IS1341-type transposase (tnpB) genes, at the 3'-end of such elements, with examples in archaea and bacteria. Focusing on the model haloarchaeon Halobacterium salinarum NRC-1, we show the existence of sense overlapping transcripts (sotRNAs) for all its IS1341-type transposases. Publicly available transcriptome compendium show condition-dependent differential regulation between sotRNAs and their cognate genes. These sotRNAs allowed us to find a UUCA tetraloop motif that is present in other archaea (ncRNA family HgcC) and in a H. salinarum intergenic ncRNA derived from a palindrome associated transposable elements (PATE). Overexpression of one sotRNA and the PATE-derived RNA harboring the tetraloop motif improved H. salinarum growth, indicating that these ncRNAs are functional. (AU)

• Processo FAPESP: 13/21522-5 - Caracterização funcional de RNAs não-codificantes associados a transposons IS1341 em Halobacterium salinarum
• Beneficiário: José Vicente Gomes Filho
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado Direto
• Processo FAPESP: 10/10195-5 - Caracterização de RNAs-não codificantes no extremófilo Halobacterium salinarum
• Beneficiário: Valéria Cristina da Silva Italiani
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
• Processo FAPESP: 11/07487-7 - Identificação e caracterização de RNAs não codificantes ligantes a Lsm no extremófilo Halobacterium salinarum
• Beneficiário: Lívia Soares Zaramela
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado
• Processo FAPESP: 09/09532-0 - Biologia sistêmica do extremófilo Halobacterium salinarum: contribuição dos RNAs não-codificantes ao modelo global de regulação gênica
• Beneficiário: Tie Koide
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Jovens Pesquisadores