Sharing and community curation of mass spectrometry data with Global Natural Products Social Molecular Networking

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Wang, Mingxun ; Carver, Jeremy J. ; Phelan, Vanessa V. ; Sanchez, Laura M. ; Garg, Neha ; Peng, Yao ; Nguyen, Don Duy ; Watrous, Jeramie ; Kapono, Clifford A. ; Luzzatto-Knaan, Tal ; Porto, Carla ; Bouslimani, Amina ; Melnik, Alexey V. ; Meehan, Michael J. ; Liu, Wei -Ting ; Criisemann, Max ; Boudreau, Paul D. ; Esquenazi, Eduardo ; Sandoval-Calderon, Mario ; Kersten, Roland D. ; Pace, Laura A. ; Quinn, Robert A. ; Duncan, Katherine R. ; Hsu, Cheng-Chih ; Floros, Dimitrios J. ; Gavilan, Ronnie G. ; Kleigrewe, Karin ; Northen, Trent ; Dutton, Rachel J. ; Parrot, Delphine ; Carlson, Erin E. ; Aigle, Bertrand ; Michelsen, Charlotte F. ; Jelsbak, Lars ; Sohlenkamp, Christian ; Pevzner, Pavel ; Edlund, Anna ; McLean, Jeffrey ; Piel, Jorn ; Murphy, Brian T. ; Gerwick, Lena ; Liaw, Chih-Chuang ; Yang, Yu-Liang ; Humpf, Hans-Ulrich ; Maansson, Maria ; Keyzers, Robert A. ; Sims, Amy C. ; Johnson, Andrew R. ; Sidebottom, Ashley M. ; Sedio, Brian E. ; Klitgaard, Andreas ; Larson, Charles B. ; Boya P, Cristopher A. ; Torres-Mendoza, Daniel ; Gonzalez, David J. ; Silva, Denise B. ; Marques, Lucas M. ; Demarque, Daniel P. ; Pociute, Egle ; O'Neill, Ellis C. ; Briand, Enora ; Helfrich, Eric J. N. ; Granatosky, Eve A. ; Glukhov, Evgenia ; Ryffel, Florian ; Houson, Hailey ; Mohimani, Hosein ; Kharbush, Jenan J. ; Zeng, Yi ; Vorholt, Julia A. ; Kurita, Kenji L. ; Charusanti, Pep ; McPhail, Kerry L. ; Nielsen, Kristian Fog ; Vuong, Lisa ; Elfeki, Maryam ; Traxler, Matthew F. ; Engene, Niclas ; Koyama, Nobuhiro ; Vining, Oliver B. ; Baric, Ralph ; Silva, Ricardo R. ; Mascuch, Samantha J. ; Tomasi, Sophie ; Jenkins, Stefan ; Macherla, Venkat ; Hoffman, Thomas ; Agarwal, Vinayak ; Williams, Philip G. ; Dai, Jingqui ; Neupane, Ram ; Gurr, Joshua ; Rodriguez, Andres M. C. ; Lamsa, Anne ; Zhang, Chen ; Dorrestein, Kathleen ; Duggan, Brendan M. ; Almaliti, Jehad ; Allard, Pierre-Marie ; Phapale, Prasad ; Nothias, Louis-Felix ; Alexandrovr, Theodore ; Litaudon, Marc ; Wolfender, Jean-Luc ; Kyle, Jennifer E. ; Metz, Thomas O. ; Peryea, Tyler ; Nguyen, Dac-Trung ; VanLeer, Danielle ; Shinn, Paul ; Jadhav, Ajit ; Muller, Rolf ; Waters, Katrina M. ; Shi, Wenyuan ; Liu, Xueting ; Zhang, Lixin ; Knight, Rob ; Jensen, Paul R. ; Palsson, Bernhard O. ; Pogliano, Kit ; Linington, Roger G. ; Gutierrez, Marcelino ; Lopes, Norberto P. ; Gerwick, William H. ; Moore, Bradley S. ; Dorrestein, Pieter C. ; Bandeira, Nuno

• Tipo de documento: Artigo Científico
• Fonte: NATURE BIOTECHNOLOGY; v. 34, n. 8, p. 828-837, AUG 2016.
• Citações Web of Science: 383

Resumo

The potential of the diverse chemistries present in natural products (NP) for biotechnology and medicine remains untapped because NP databases are not searchable with raw data and the NP community has no way to share data other than in published papers. Although mass spectrometry (MS) techniques are well-suited to high-throughput characterization of NP, there is a pressing need for an infrastructure to enable sharing and curation of data. We present Global Natural Products Social Molecular Networking (GNPS; http://gnps.ucsd.edu), an open-access knowledge base for community-wide organization and sharing of raw, processed or identified tandem mass (MS/MS) spectrometry data. In GNPS, crowdsourced curation of freely available community-wide reference MS libraries will underpin improved annotations. Data-driven social-networking should facilitate identification of spectra and foster collaborations. We also introduce the concept of `living data' through continuous reanalysis of deposited data. (AU)

• Processo FAPESP: 12/18031-7 - Aplicação de MALDI-MS/MS na análise da vicenina-2 e correlatos: da compreensão dos processos ionizantes à geração de imagens
• Beneficiário: Denise Brentan da Silva
• Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
• Processo FAPESP: 14/01651-8 - Eliciação da biossíntese de produtos naturais a partir da interação de micro-organismos endofíticos
• Beneficiário: Andrés Mauricio Caraballo Rodríguez
• Linha de fomento: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Doutorado
• Processo FAPESP: 13/16496-5 - Avaliação do metabolismo in vitro, in vivo e do perfil farmacocinético do alcalóide govaniadina
• Beneficiário: Lucas Maciel Mauriz Marques
• Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Doutorado
• Processo FAPESP: 14/01884-2 - Análise de perfis de metabólitos obtidos por espectrometria de massas utilizando grafos
• Beneficiário: Ricardo Roberto da Silva
• Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
• Processo FAPESP: 14/50265-3 - Metabolismo e distribuição de xenobióticos naturais e sintéticos: da compreensão dos processos reacionais à geração de imagens teciduais
• Beneficiário: Norberto Peporine Lopes
• Linha de fomento: Auxílio à Pesquisa - Programa BIOTA - Temático
• Processo FAPESP: 14/18052-0 - Histolocalização de taninos e antraquinonas com atuação no sistema gastrointestinal
• Beneficiário: Daniel Pecoraro Demarque
• Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Doutorado