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(Referência obtida automaticamente do Web of Science, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores.)

Phenotypic and Genetic Structure Support Gene Flow Generating Gene Tree Discordances in an Amazonian Floodplain Endemic Species

Texto completo
Autor(es):
Thom, Gregory [1] ; Do Amaral, Fabio Raposo [2] ; Hickerson, Michael J. [3] ; Aleixo, Alexandre [4] ; Araujo-Silva, Lucas E. [4] ; Ribas, Camila C. [5] ; Choueri, Erik [5] ; Miyaki, Cristina Y. [1]
Número total de Autores: 8
Afiliação do(s) autor(es):
[1] Univ Sao Paulo, Dept Genet & Biol Evolut, Rua Matao 277, Sala 230, Cidade Univ, BR-05508090 Sao Paulo, SP - Brazil
[2] Univ Fed Sao Paulo, Lab Genet Evolut, Inst Ciencias Ambientais Quim & Farmaceut, Rua Prof Artur Riedel, BR-09972270 Diadema, SP - Brazil
[3] CUNY City Coll, Dept Biol, Marshak Sci Bldg, 160 Convent Ave, New York, NY 10031 - USA
[4] Museu Paraense Emilio Goeldi, Dept Ornitol, Caixa Postal 399, BR-66040170 Belem, PA - Brazil
[5] INPA, Coordenacao Biodiversidade, Ave Andre Araujo 2936, BR-69060001 Manaus, AM - Brazil
Número total de Afiliações: 5
Tipo de documento: Artigo Científico
Fonte: Systematic Biology; v. 67, n. 4, p. 700-718, JUL 2018.
Citações Web of Science: 3
Resumo

Before populations become independent evolutionary lineages, the effects of micro evolutionary processes tend to generate complex scenarios of diversification that may affect phylogenetic reconstruction. Not accounting for gene flow in species tree estimates can directly impact topology, effective population sizes and branch lengths, and the resulting estimation errors are still poorly understood in wild populations. In this study, we used an integrative approach, including sequence capture of ultra-conserved elements (UCEs), mtDNA Sanger sequencing and morphological data to investigate species limits and phylogenetic relationships in face of gene flow in an Amazonian endemic species (Myrmoborus lugubris: Aves). We used commonly implemented species tree and model-based approaches to understand the potential effects of gene flow in phylogenetic reconstructions. The genetic structure observed was congruent with the four recognized subspecies of M. lugubris. Morphological and UCEs data supported the presence of a wide hybrid zone between M. l. femininus from the Madeira river and M. l. lugubris from theMiddle and lowerAmazon river, whichwere recovered as sister taxa by species tree methods. When fitting gene flowinto simulated demographic models with different topologies, the best-fit model indicated these two taxa as non-sister lineages, a finding that is in agreement with the results of mitochondrial and morphological analyses. Our results demonstrated that failing to account for gene flowwhen estimating phylogenies at shallowdivergence levels can generate topological uncertainty, which can nevertheless be statistically well supported, and that model testing approaches using simulated data can be useful tools to test alternative phylogenetic hypotheses. (AU)

Processo FAPESP: 11/50143-7 - Filogeografia multilocus comparada de três espécies de Poospiza (Aves, Passeriformes): explorando a história da Mata Atlântica montana
Beneficiário:Fábio Sarubbi Raposo do Amaral
Linha de fomento: Auxílio à Pesquisa - Programa BIOTA - Apoio a Jovens Pesquisadores
Processo FAPESP: 13/50297-0 - Dimensions US-BIOTA São Paulo: integrando disciplinas para a predição da biodiversidade da Floresta Atlântica no Brasil
Beneficiário:Cristina Yumi Miyaki
Linha de fomento: Auxílio à Pesquisa - Programa BIOTA - Temático
Processo FAPESP: 11/23155-4 - Filogeografia multilocus comparada de três espécies de Poospiza (aves, passeriformes): explorando a história da Mata Atlântica montana
Beneficiário:Fábio Sarubbi Raposo do Amaral
Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Programa BIOTA - Apoio a Jovens Pesquisadores
Processo FAPESP: 14/00113-2 - Filogeografia comparada de quatro complexos de espécies de aves amazônicas: reconstruindo processos biogeográficos a partir do sequenciamento de elementos ultra conservados
Beneficiário:Gregory Thom e Silva
Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Doutorado
Processo FAPESP: 12/50260-6 - Estruturação e evolução da biota amazônica e seu ambiente: uma abordagem integrativa
Beneficiário:Lúcia Garcez Lohmann
Linha de fomento: Auxílio à Pesquisa - Programa BIOTA - Temático
Processo FAPESP: 15/12551-7 - Filogeografia comparada de três complexos de espécies de aves restritas a ambientes de várzea: abordando novos padrões biogeográficos para a Amazônia
Beneficiário:Gregory Thom e Silva
Linha de fomento: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Doutorado