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(Referência obtida automaticamente do Web of Science, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores.)

A comprehensive manually-curated compendium of bovine transcription factors

Texto completo
Autor(es):
de Souza, Marcela M. [1, 2] ; Zerlotini, Adhemar [3] ; Geistlinger, Ludwig [1] ; Tizioto, Polyana C. [4] ; Taylor, Jeremy F. [5] ; Rocha, Marina I. P. [2] ; Diniz, Wellison J. S. [2] ; Coutinho, Luiz L. [6] ; Regitano, Luciana C. A. [1]
Número total de Autores: 9
Afiliação do(s) autor(es):
[1] Embrapa Pecuaria Sudeste, Anim Biotechnol, BR-13560970 Sao Carlos, SP - Brazil
[2] Univ Fed Sao Carlos, Postgrad Program Evolutionary Genet & Mol Biol, BR-13560970 Sao Carlos, SP - Brazil
[3] Embrapa Informat Agropecuaria, Bioinformat Multiuser Lab, BR-70770901 Campinas, SP - Brazil
[4] NGS Genom Solut, Piracicaba, SP - Brazil
[5] Univ Missouri, Dept Anim Sci, Columbia, MO 65211 - USA
[6] Univ Sao Paulo, Funct Genom Ctr, BR-13418900 Piracicaba, SP - Brazil
Número total de Afiliações: 6
Tipo de documento: Artigo Científico
Fonte: SCIENTIFIC REPORTS; v. 8, SEP 13 2018.
Citações Web of Science: 1
Resumo

Transcription factors (TFs) are pivotal regulatory proteins that control gene expression in a context-dependent and tissue-specific manner. In contrast to human, where comprehensive curated TF collections exist, bovine TFs are only rudimentary recorded and characterized. In this article, we present a manually-curated compendium of 865 sequence-specific DNA-binding bovines TFs, which we analyzed for domain family distribution, evolutionary conservation, and tissue-specific expression. In addition, we provide a list of putative transcription cofactors derived from known interactions with the identified TFs. Since there is a general lack of knowledge concerning the regulation of gene expression in cattle, the curated list of TF should provide a basis for an improved comprehension of regulatory mechanisms that are specific to the species. (AU)

Processo FAPESP: 12/23638-8 - Bases moleculares da qualidade da carne em bovinos da raça Nelore
Beneficiário:Luciana Correia de Almeida Regitano
Linha de fomento: Auxílio à Pesquisa - Temático
Processo FAPESP: 12/20328-8 - Avaliação da expressão alélica em genes associados à maciez de carne em animais Nelore por meio de análise transcriptômica
Beneficiário:Marcela Maria de Souza
Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Doutorado
Processo FAPESP: 14/15183-6 - Identificação e caracterização do repertório de fatores de transcrição de bovinos
Beneficiário:Marcela Maria de Souza
Linha de fomento: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Doutorado