Evaluation of imputation accuracy using the combination of two high-density panels in Nelore beef cattle

Autor(es)

Bernardes, Priscila Arrigucci ^[1] ; do Nascimento, Guilherme Batista ^[2] ; Savegnago, Rodrigo Pelicioni ^[3] ; Buzanskas, Marcos Eli ^[4] ; Watanabe, Rafael Nakamura ^[1] ; de Almeida Regitano, Luciana Correia ^[5] ; Coutinho, Luiz Lehmann ^[6] ; Gondro, Cedric ^[7] ; Munari, Danisio Prado ^[1]

Afiliação do(s) autor(es)

^[1] Univ Estadual Paulista, Dept Ciencias Exatas, Fac Ciencias Agr & Vet, Sao Paulo, SP - Brazil

^[2] Ctr Univ Adamantina, Sao Paulo, SP - Brazil

^[3] Inst Zootecnia, Sao Paulo, SP - Brazil

^[4] Univ Fed Paraiba, Ctr Ciencias Agr, Areia, PB - Brazil

^[5] Embrapa Pecuaria Sudeste, Sao Paulo, SP - Brazil

^[6] Univ Sao Paulo, Dept Zootecnia, Escola Super Agr Luiz de Queiroz, Sao Paulo, SP - Brazil

^[7] Michigan State Univ, Dept Anim Sci, Coll Agr & Nat Resources, E Lansing, MI 48824 - USA

• Tipo de documento: Artigo Científico
• Fonte: SCIENTIFIC REPORTS; v. 9, NOV 29 2019.
• Citações Web of Science: 0

Resumo

This study compared imputation from lower-density commercial and customized panels to high-density panels and a combined panel (Illumina and Affymetrix) in Nelore beef cattle. Additionally, linkage disequilibrium and haplotype block conformation were estimated in individual high-density panels and compared with corresponding values in the combined panel after imputation. Overall, 814 animals were genotyped using BovineHD BeadChip (IllumHD), and 93 of these animals were also genotyped using the Axion Genome-Wide BOS 1 Array Plate (AffyHD). In general, customization considering linkage disequilibrium and minor allele frequency had the highest accuracies. The IllumHD panel had higher values of linkage disequilibrium for short distances between SNPs than AffyHD and the combined panel. The combined panel had an increased number of small haplotype blocks. The use of a combined panel is recommended due to its increased density and number of haplotype blocks, which in turn increase the probability of a marker being close to a quantitative trait locus of interest. Considering common SNPs between IllumHD and AffyHD for the customization of a low-density panel increases the imputation accuracy for IllumHD, AffyHD and the combined panel. (AU)

• Processo FAPESP: 13/20091-0 - Predição de valores genéticos em populações experimentais de camundongos utilizando genotipagem seletiva
• Beneficiário: Rodrigo Pelicioni Savegnago
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
• Processo FAPESP: 12/23638-8 - Bases moleculares da qualidade da carne em bovinos da raça Nelore
• Beneficiário: Luciana Correia de Almeida Regitano
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Temático
• Processo FAPESP: 16/22940-3 - Imputação, desequilíbrio de ligação, blocos de haplótipos e endogamia em bovinos Nelore
• Beneficiário: Priscila Arrigucci Bernardes
• Modalidade de apoio: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Doutorado
• Processo FAPESP: 15/25096-6 - Imputação, desequilíbrio de ligação, blocos de haplótipos e endogamia em bovinos Nelore
• Beneficiário: Priscila Arrigucci Bernardes
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado
• Processo FAPESP: 13/19335-2 - Estudo do nível de mistura em animais da raça Canchim e grupo genético ma utilizando painel de polimorfismos de nucleotídeo único de alta densidade
• Beneficiário: Marcos Eli Buzanskas
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado