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(Referência obtida automaticamente do Web of Science, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores.)

Rational Design of Chymotrypsin Inhibitor 2 by Optimizing Non-Native Interactions

Texto completo
Autor(es):
da Silva, Fernando B. [1] ; de Oliveira, Vinicius M. [2] ; Sanches, Murilo N. [1] ; Contessoto, Vinicius G. [3, 4] ; Leite, Vitor B. P. [1]
Número total de Autores: 5
Afiliação do(s) autor(es):
[1] Sao Paulo State Univ, UNESP, Inst Biosci Humanities & Exact Sci, Dept Phys, BR-15054000 Sao Jose Do Rio Preto, SP - Brazil
[2] Brazilian Ctr Res Energy & Mat, Brazilian Biosci Natl Lab, LNBio CNPEM, BR-13083970 Campinas, SP - Brazil
[3] Rice Univ, Ctr Theoret Biol Phys, Houston, TX 77005 - USA
[4] Brazilian Ctr Res Energy & Mat CNPEM, Brazilian Biorenewables Natl Lab LNBR, BR-13083100 Campinas, SP - Brazil
Número total de Afiliações: 4
Tipo de documento: Artigo Científico
Fonte: JOURNAL OF CHEMICAL INFORMATION AND MODELING; v. 60, n. 2, p. 982-988, FEB 2020.
Citações Web of Science: 1
Resumo

Rational design of proteins via mutagenesis is crucial for several biotechnological applications. A significant challenge of the computational strategies used to predict optimized mutations is to understand the influence of each amino acid during the folding process. In the present work, chymotrypsin inhibitor 2 (CI2) and several of its designed mutants have been simulated using a non-native hydrophobic and electrostatic potential as a structure-based C alpha model. Through these simulations, we could identify the most critical folding stage to accelerate CI2 and also the charged residues responsible for providing its thermostability. The replacement of ionizable residues for hydrophobic ones tended to promote the formation of the CI2 secondary structure in the early transition state, which speeds up folding. However, this same replacement destabilized the native structure, and there was a decrease in the protein thermostability. Such a simple method proved to be capable of providing valuable information about thermodynamics and kinetics of CI2 and its mutations, thus being a fast alternative to the study of rational protein design. (AU)

Processo FAPESP: 18/18668-1 - Visualização do relevo de superfícies de energia de macromoléculas biológicas
Beneficiário:Vitor Barbanti Pereira Leite
Linha de fomento: Bolsas no Exterior - Pesquisa
Processo FAPESP: 17/25130-5 - Comparação de potenciais não-específicos com potenciais baseados em estrutura no estudo de enovelamento de proteínas
Beneficiário:Murilo Nogueira Sanches
Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
Processo FAPESP: 17/09662-7 - Evolução racional por métodos computacionais aplicada em enzimas relacionadas com a produção de bioetanol
Beneficiário:Vinícius de Godoi Contessoto
Linha de fomento: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Pós-Doutorado
Processo FAPESP: 16/13998-8 - Evolução racional por métodos computacionais aplicados na predição de mutações no desenvolvimento de enzimas para produção de biocombustíveis
Beneficiário:Vinícius de Godoi Contessoto
Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
Processo FAPESP: 16/19766-1 - Relevo de superfícies de energia de macromoléculas biológicas com aplicações em biotecnologia e em biomedicina
Beneficiário:Vitor Barbanti Pereira Leite
Linha de fomento: Auxílio à Pesquisa - Regular
Processo FAPESP: 18/11614-3 - Efeito de Mutações Câncer-Ativadoras e de pH na Transição Funcional do Receptor de Estrógeno
Beneficiário:Vinicius Martins de Oliveira
Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado