Amando o veneno: bases moleculares do metabolismo e toxicidade do conservante de alimentos de ampla utilização, propionato, em Pseudomonas aeruginosa

Resumo

Iremos investigar como Pseudomonas aeruginosa PA01 tipo selvagem catabolisa propionato (em comparação com um substrato controle succinato). Isso será feito através da integração de dados obtidos mediante análise transcriptômica (RNA-seq), metabolômica (1N NMR, GC-MS/MS e LC-MS) e proteômica (iTRAQ). O grupo do Dr. Welch possui expertise em RNA-seq, análises proteômicas e metabolômicas, enquanto o grupo do Dr. Silva-Rocha possui experiência na integração de dados, análise metabólica ao nível genômico e análise de redes regulatórias, fazendo desta colaboração uma excelente complementação de abordagens, sendo assim capaz de adicionar um grande valor ao projeto proposto. De maneira específica, usaremos dados de RNA-seq (obtidos no Brasil e em UK) e análises proteômica (UK) para identificar quais vias são expressas durante o crescimento da linhagem selvagem em meio mínimo contendo propinado ou succinato como fonte de carbono. Em paralelo, um modelo metabólico a escala genômica será construído (Brasil) baseado em dados do PseudoCyc e KEGG. Os dados de transcriptômica e proteômica serão utilizados para confirmar a dinâmica das vias estudadas e para "curar" o modelo. Novas interações candidatas serão testadas através dos ensaios fenotípicos feitos com mutantes existentes no banco de mutantes de PA existentes (UK). Confirmações adicionais serão realizadas mediante análises dos perfis metabólicos (UK) para investigar metabólicos chaves. Em geral, esperamos gerar um modelo robusto que permita predizer a arquitetura global e dinâmica do metabolismo de ácidos graxos de cadeia curta em PA. Cabe ressaltar que o metabolismo desses compostos vem sendo negligenciado em modelos anteriores do metabolismo de PA. (AU)