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Meta-análise de redes gênicas associadas às infecções virais humanas

Processo: 19/16418-0
Modalidade de apoio:Bolsas no Brasil - Doutorado Direto
Data de Início da vigência: 01 de setembro de 2019
Data de Término da vigência: 30 de abril de 2024
Área de conhecimento:Ciências Biológicas - Imunologia - Imunogenética
Pesquisador responsável:Helder Takashi Imoto Nakaya
Beneficiário:Vanessa Escolano Maso
Instituição Sede: Faculdade de Ciências Farmacêuticas (FCF). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:18/21934-5 - Estatística de redes: teoria, métodos e aplicações, AP.TEM
Bolsa(s) vinculada(s):23/05005-2 - Comparação entre o perfil transcriptômico do sangue humano durante a infecção natural por Febre Amarela e a vacinação com a vacina Febre Amarela 17D, BE.EP.DD
Assunto(s):Biologia de sistemas   Infecção   Redes reguladoras de genes   Vírus Chikungunya   Vírus da dengue   Vírus da febre amarela   Orthomyxoviridae   Interação proteína-proteína   Transcriptoma
Palavra(s)-Chave do Pesquisador:Infecções Virais | Redes Gênicas | Vírus Chikungunya | Virus dengue | Vírus Febre Amarela | Vírus Influenza | Biologia de Sistemas

Resumo

Redes de interação proteína-proteína (Protein-Protein Interaction, PPI) têm sido demonstradas eficientes na identificação de genes associados às doenças. Essas redes PPI podem ser integradas aos dados de transcriptoma para a compreensão de como as interações gênicas produzem um fenótipo patológico, essa integração produzirá as redes gênicas. Genes compartilhados pela maioria das infecções virais já são conhecidos, entre eles, genes associados à apresentação de antígenos e à ativação de células T CD4 e T CD8, entretanto, há pouco conhecimento sobre como os genes interagem entre si em cada infecção. Esse projeto tem como objetivo conduzir uma análise de redes gênicas para identificar possíveis interações gênicas compartilhadas pelas infecções virais de Dengue, Chikungunya, Febre Amarela e Influenza e, também, interações gênicas específicas para cada uma dessas infecções. Redes de PPI serão construídas in silico com a utilização dos dados de interação entre proteínas disponíveis em bancos de dados públicos. As redes de PPI e os genes diferencialmente expressos em nossa meta-análise de transcriptomas serão integrados para a construção de redes gênicas específicas de cada infecção viral. As redes das quatro infecções virais serão comparadas, o que possibilitará a identificação das interações gênicas exclusivas e compartilhadas pelas redes. (AU)

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Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
AQUIME GONCALVES, ANDRE NICOLAU; MASO, VANESSA ESCOLANO; SANTOS DE CASTRO, ICARO MAIA; VASCONCELOS, AMANDA PEREIRA; TOMIO OGAVA, RODRIGO LUIZ; NAKAYA, HELDER, I. High-Throughput Transcriptome Analysis for Investigating Host-Pathogen Interactions. JOVE-JOURNAL OF VISUALIZED EXPERIMENTS, v. N/A, n. 181, p. 22-pg., . (18/14933-2, 13/08216-2, 19/13880-5, 19/16418-0, 19/27146-1, 12/19278-6, 20/05284-0, 17/50137-3, 18/21934-5)