Identificação e uso de CNV para seleção genômica em ovinos da raça Santa Inês

Resumo

A incorporação de SNP com informações fenotípicas agrega acurácia na predição dos GEBVs. Entretanto, é possível que outros efeitos genéticos possam ser subestimados com essa abordagem. Mais recentemente, foram descritas variações no número de cópias (CNVs) responsáveis por variações genéticas e fenotípicas, essas também são associadas à diversidade e resistência a doenças. As regiões de CNV (CNVRs) foram identificadas próximas e sobrepostas aos genes e QTLs com relevância para características produtivas. Ainda assim, estudos abordando CNVs em ovinos são escassos. O objetivo deste estudo é identificar CNVs em ovinos e utilizar estas informações para avaliar o ganho de acurácia na predição do GEBV com informações de SNP enriquecidas com CNV. Serão utilizados um total de 387 machos genotipados da raça Santa Inês. A identificação de CNVs será realizada por meio do PennCNV. As CNVRs serão determinadas por sobreposição de CNVs identificadas em diferentes ovinos utilizando o pacote GenomicRanges do software Bioconductor. Em seguida, as regiões identificadas serão comparadas com regiões de QTLs. Adicionalmente, serão testados dois modelos; um modelo reduzido (GBLUP), que considera efeito de SNP, e um modelo completo que considera efeito de SNP e CNV juntos. (AU)