Ilhas de autozigosidade e corridas de homozigose em linhagens Nelore: evidências de seleção para características funcionalmente importantes

• Processo: 18/19353-4
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Publicações científicas - Artigo
• Data de Início da vigência: 01 de outubro de 2019
• Data de Término da vigência: 31 de março de 2020
• Área do conhecimento: Ciências Agrárias - Zootecnia - Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
• Pesquisador responsável: Angélica Simone Cravo Pereira
• Beneficiário: Angélica Simone Cravo Pereira
• Instituição Sede: Faculdade de Medicina Veterinária e Zootecnia (FMVZ). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Assunto(s): Seleção genômica Bos taurus indicus
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Bos indicus | Gene Ontology | genomic inbreeding | indicine | Seleção Genomica

Resumo

O objetivo deste estudo foi avaliar autozigosidade em uma população de bovinos da raça Nelore e caracterizar os padrões das corridas de homozigose (ROH) na mesma, bem como de identificar ilhas de autozigose que podem ter ocorrido devido à seleção dentro das linhagens da raça Nelore. Objetivou-se também comparar as estimativas de endogamia calculadas a partir dos ROH (FROH), da matriz genômica de parentesco (FGRM) e do pedigree (FPED). O número médio de ROH por animal foi de 55,15 ± 13,01 com tamanho médio de 3,24 Mb. O genoma do gado Nelore é composto principalmente por um elevado número de segmentos pequenos, representando 78% do total de ROH, embora a proporção do genoma coberta por eles seja relativamente pequena. A proporção de autozigosidade no genoma indica níveis moderados a altos de endogamia para os padrões clássicos, com um valor médio de 7,15% (178,70 Mb). A média de FPED e FROH e suas correlações (-0,05 a 0,26) foram baixas. As estimativas de correlação entre FGRM-FPED foram zero, enquanto a correlação (-0,01 a -0,07) entre FGRM-FROH diminuiu em função do comprimento do ROH, exceto para FROH> 8Mb (-0,03). No geral, os coeficientes de endogamia não foram altos para os animais genotipados. Ilhas de autozigose foram evidentes em todo o genoma (n = 62) e sua localização genômica não diferiu em grande parte dentro das linhagens. Termos enriquecidos (p <0,01) associados à resposta de defesa a bactérias (GO: 0042742), reação imunocomplexa (GO: 0045647), genes de glicoproteínas associadas à gestação (GO: 0030163) e crescimento do organismo (GO: 0040014) foram descritos as ilhas de autozigose. Estimativas baixas de correlação de FPED-FROH indicam que o FPED não é o método mais adequado para capturar endogamia antiga quando o pedigree não se estende por muitas gerações e o FROH deve ser usado em seu lugar. Termos enriquecidos (p <0,01) sugerem uma forte seleção de resposta imune. Ilhas não-sobrepostas dentro das linhagens explicam em grande parte o mecanismo subjacente à seleção de características funcionalmente importantes em bovinos da raça Nelore. (AU)