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Micobactérias e seus elementos extracromossômicos: caracterização molecular e aplicações biotecnológicas

Processo: 11/18326-4
Linha de fomento:Auxílio à Pesquisa - Temático
Vigência: 01 de março de 2012 - 29 de fevereiro de 2016
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Microbiologia - Biologia e Fisiologia dos Microorganismos
Pesquisador responsável:Sylvia Luisa Pincherle Cardoso Leão
Beneficiário:Sylvia Luisa Pincherle Cardoso Leão
Instituição-sede: Escola Paulista de Medicina (EPM). Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP). Campus São Paulo. São Paulo, SP, Brasil
Pesq. associados:Aline Maria da Silva ; Artur Luiz da Costa da Silva ; Cristina Viana Niero ; Erica Chimara Silva ; Odir Antônio Dellagostin
Bolsa(s) vinculada(s):14/01825-6 - Caracterização de um plasmídeo conjugativo de Mycobacterium avium, BP.MS
13/16018-6 - Sequenciamento e anotação do genoma da cepa EPM 10906, uma nova espécie de micobactéria, BP.PD
12/18038-1 - Avaliação de um método de Multilocus Sequence Typing (MLST) para análise de clonalidade de isolados de Mycobacterium abscessus, BP.IC
+ mais bolsas vinculadas 12/13763-0 - Caracterização taxonômica de micobactérias do grupo Mycobacterium chelonae-M. abscessus sem dentificação de espécie conclusiva, BP.DR
12/07335-5 - Caracterização taxonômica de micobactérias do grupo Mycobacterium chelonae-M. abscessus sem identificação de espécie conclusiva, BP.PD
12/04911-5 - Isolamento, purificação e caracterização de micobacteriófagos ambientais, BP.MS - menos bolsas vinculadas
Assunto(s):Bacteriófagos  Mycobacterium  Plasmídeos  Zoologia (classificação) 

Resumo

Este projeto dá continuidade ao projeto temático anterior (2006-2010), intitulado "Micobactérias de importância médica no Brasil: caracterização molecular, interação com o meio ambiente e com macrófagos" (Proc. N. 2006/01533-9). Continuamos estudando micobactérias não tuberculosas (MNT), que constituem a principal linha de pesquisa do laboratório. No Subprojeto 1 analisaremos um esquema de Multilocus Sequence Typing (MLST) para tipagem de isolados de Mycobacterium abscessus. No projeto anterior, estudamos por sequenciamento de DNA e Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE) um número significativo de isolados de um surto de infecções em cirurgias laparoscópicas, artroscópicas e plásticas. Estes surtos tiveram distribuição nacional (>2000 casos notificados ente 2004 e 2008) e foram causados majoritariamente por uma única cepa, hoje considerada subespécie de M. abscessus denominada subsp. bolletii. Estudamos também isolados da mesma subespécie não relacionados aos surtos em cirurgias. Temos, portanto, uma coleção significativa de isolados, que será usada aqui para avaliar o poder discriminatório do MLST para análise de clonalidade em comparação com a técnica de PFGE. Pretendemos com isso disponibilizar um esquema adicional para tipagem de isolados de M. abscessus em situações de surto. No Subprojeto 2 caracterizaremos isolados pertencentes ao grupo Mycobacterium chelonae-M. abscessus que ainda não têm identificação de espécie conclusiva. Uma reclassificação taxonômica de três membros do grupo foi recentemente proposta por nós, como consequência do estudo realizado com os isolados do surto em cirurgias no projeto anterior. Verificamos também que os membros deste grupo apresentam grande variabilidade interna. Com isso, pretendemos agora expandir estes estudos com a análise de 40 isolados adicionais, cuja classificação taxonômica ainda não é conclusiva. Devido à importância assumida por micobactérias do grupo M. chelonae-M. abscessus no Brasil nos últimos anos é importante dar continuidade aos estudos taxonômicos para poder contribuir com análises epidemiológicas e vigilância de surtos futuros. No Subprojeto 3 finalizaremos a análise bioinformática de um plasmídeo conjugativo de Mycobacterium avium, identificado durante o projeto anterior. Este plasmídeo tem capacidade de mediar conjugação entre espécies diferentes de micobactérias de crescimento lento (MCL), como M. avium, Mycobacterium kansasii e Mycobacterium bovis BCG. Nós demonstramos experimentalmente pela primeira vez a transferência horizontal de genes entre espécies diferentes de micobactérias de crescimento lento. Com a análise bioinformática, pretendemos identificar genes responsáveis pela conjugação e a origem de replicação deste plasmídeo e com isso construir vetores shuttle E. coli-micobactéria, disponibilizando novas ferramentas para estudos com micobactérias. Caso sejam identificados no plasmídio genes relacionados à resistência a antimicrobianos ou outros processos metabólicos, estas atividades serão testadas in vitro. O Subprojeto 4 dará continuidade ao projeto de identificação e caracterização de micobacteriófagos, proposto no projeto anterior. Aproveitando uma colaboração estabelecida com a Fundação Parque Zoológico de São Paulo (FPZSP), iremos isolar e caracterizar micobactérias e micobacteriófagos presentes no material de compostagem processado na FPZSP. As micobactérias isoladas serão identificadas por métodos fenotípicos e moleculares e os fagos serão caracterizados morfologicamente e sequenciados. Os dados de sequenciamento serão comparados com dados de metagenômica, que será realizada com o mesmo material. Os resultados poderão levar ao melhor conhecimento da distribuição de micobactérias e fagos no ambiente no Brasil e à elaboração de ferramentas para diagnóstico, tratamento ou controle microbiológico em algumas doenças micobacterianas para as quais as ferramentas disponíveis não são suficientes. (AU)

Matéria(s) publicada(s) na Revista Pesquisa FAPESP sobre o auxílio:
Aliados improváveis 

Publicações científicas (7)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
NASCIMENTO, HELOISA; VIANA-NIERO, CRISTINA; NOGUEIRA, CHRISTIANE LOURENCO; MARTINS BISPO, PAULO JOSE; PINTO, FERNANDO; PEREIRA UZAM, CAMILA DE PAULA; MATSUMOTO, CRISTIANNE KAYOKO; OLIVEIRA MACHADO, ANTONIA MARIA; LEAO, SYLVIA CARDOSO; HOFLING-LIMA, ANA LUISA; DE FREITAS, DENISE. Identification of the Infection Source of an Outbreak of Mycobacterium Chelonae Keratitis After Laser in Situ Keratomileusis. CORNEA, v. 37, n. 1, p. 116-122, JAN 2018. Citações Web of Science: 1.
NOGUEIRA, CHRISTIANE L.; DE ALMEIDA, LUIZ G. P.; MENENDEZ, MARIA C.; GARCIA, MARIA J.; DIGIAMPIETRI, LUCIANO A.; CHIMARA, ERICA; CNOCKAERT, MARGO; PALOMINO, JUAN C.; PORTAELS, FRANCOISE; MARTIN, ANANDI; VANDAMME, PETER; LEAO, SYLVIA C. Characterization of Mycobacterium chelonae-Like Strains by Comparative Genomics. FRONTIERS IN MICROBIOLOGY, v. 8, MAY 8 2017. Citações Web of Science: 4.
LIMA-JUNIOR, JAMES DALTRO; VIANA-NIERO, CRISTINA; CONDE OLIVEIRA, DANIEL V.; MACHADO, GABRIEL ESQUITINI; DA SILVA RABELLO, MICHELLE CRISTIANE; MARTINS-JUNIOR, JOAQUIM; MARTINS, LAYLA FARAGE; DIGIAMPIETRI, LUCIANO ANTONIO; DA SILVA, ALINE MARIA; SETUBAL, JOAO CARLOS; RUSSELL, DANIEL A.; JACOBS-SERA, DEBORAH; POPE, WELKIN H.; HATFULL, GRAHAM F.; LEAO, SYLVIA CARDOSO. Characterization of mycobacteria and mycobacteriophages isolated from compost at the Sao Paulo Zoo Park Foundation in Brazil and creation of the new mycobacteriophage Cluster U. BMC Microbiology, v. 16, JUN 17 2016. Citações Web of Science: 2.
NOGUEIRA, CHRISTIANE LOURENCO; WHIPPS, CHRISTOPHER M.; MATSUMOTO, CRISTIANNE KAYOKO; CHIMARA, ERICA; DROZ, SARA; TORTOLI, ENRICO; DE FREITAS, DENISE; CNOCKAERT, MARGO; PALOMINO, JUAN CARLOS; MARTIN, ANANDI; VANDAMME, PETER; LEAO, SYLVIA CARDOSO. Mycobacterium saopaulense sp nov., a rapidly growing mycobacterium closely related to members of the Mycobacterium chelonae-Mycobacterium abscessus group. INTERNATIONAL JOURNAL OF SYSTEMATIC AND EVOLUTIONARY MICROBIOLOGY, v. 65, n. 12, p. 4403-4409, DEC 2015. Citações Web of Science: 15.
NOGUEIRA, CHRISTIANE LOURENCO; SIMMON, KEITH E.; CHIMARA, ERICA; CNOCKAERT, MARGO; PALOMINO, JUAN CARLOS; MARTIN, ANANDI; VANDAMME, PETER; BROWN-ELLIOTT, BARBARA A.; WALLACE, JR., RICHARD J.; LEAO, SYLVIA CARDOSO. Mycobacterium franklinii sp nov., a species closely related to members of the Mycobacterium chelonae-Mycobacterium abscessus group. INTERNATIONAL JOURNAL OF SYSTEMATIC AND EVOLUTIONARY MICROBIOLOGY, v. 65, n. 7, p. 2148-2153, JUL 2015. Citações Web of Science: 7.
MACHADO, GABRIEL ESQUITINI; MATSUMOTO, CRISTIANNE KAYOKO; CHIMARA, ERICA; DUARTE, RAFAEL DA SILVA; DE FREITAS, DENISE; PALACI, MOISES; HADAD, DAVID JAMIL; BATISTA LIMA, KARLA VALERIA; LOPES, MARIA LUIZA; RAMOS, JESUS PAIS; CAMPOS, CARLOS EDUARDO; CALDAS, PAULO CESAR; HEYM, BEATE; LEAO, SYLVIA CARDOSO. Multilocus Sequence Typing Scheme versus Pulsed-Field Gel Electrophoresis for Typing Mycobacterium abscessus Isolates. Journal of Clinical Microbiology, v. 52, n. 8, p. 2881-2891, AUG 2014. Citações Web of Science: 6.
MATSUMOTO, CRISTIANNE KAYOKO; MARTINS BISPO, PAULO JOSE; SANTIN, KATIANE; NOGUEIRA, CHRISTIANE LOURENCO; LEAO, SYLVIA CARDOSO. Demonstration of Plasmid-Mediated Drug Resistance in Mycobacterium abscessus. Journal of Clinical Microbiology, v. 52, n. 5, p. 1727-1729, MAY 2014. Citações Web of Science: 3.

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