Sequenciamento e anotação do genoma da cepa epm 10906, uma nova espécie de micobactéria

Resumo

As micobactérias de crescimento rápido do grupo Mycobacterium chelonae-Mycobacterium abscessus têm passado por atualizações taxonômicas recentes, que incluem a adição de novos membros ao grupo (M. salmoniphilum e "M. franklinii"), bem como a reunião de espécies (M. abscessus, M. massiliense e M. bolletii, reunidas em uma única espécie - M. abscessus) e a descrição de novas subespécies de M. abscessus (subsp. abscessus e subsp. bolletii). Nosso grupo tem participado de algumas destas atualizações e, no momento, estudamos um grupo de isolados que possuem características que permitem classificá-los como membros do grupo M. chelonae-M. abscessus, mas que ainda não têm uma definição de espécie conclusiva. Entre estes isolados, destacamos um subgrupo composto por dois isolados de um surto em cirurgia de refração (LASIK) em São Paulo (1999) e um isolado de linfonodo de um paciente de Ribeirão Preto (2007). Estes isolados possuem o mesmo perfil de PRA-hsp65, similar ao de M. abscessus 1, (BstEII: 210, 235 pb; HaeIII: 145, 70, 60, 55 pb), mas sem a banda de 70 pb na digestão com a enzima HaeIII. O sequenciamento de genes conservados em micobactérias revelou que estes isolados são muito semelhantes a dois isolados de zebrafish dos Estados Unidos (JAN1 e JAN2), para os quais também ainda não foi possível determinar a espécie. Um conjunto de testes fenotípicos e moleculares será realizado por uma estudante de Doutorado para caracterizar todos estes isolados. O presente projeto abordará o sequenciamento e anotação de uma das cepas (EPM 10906) deste subgrupo com o objetivo de complementar a caracterização destes isolados e descrever uma nova espécie pertencente ao grupo M. chelonae-M. abscessus.