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Integrated analysis of somatic mutations and transcriptional changes in noncoding regions of the pancreatic cancer genome

Processo: 15/50317-6
Linha de fomento:Auxílio à Pesquisa - Regular
Vigência: 01 de setembro de 2016 - 31 de agosto de 2017
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
Convênio/Acordo: Ohio State University
Pesquisador responsável:Eduardo Moraes Rego Reis
Beneficiário:Eduardo Moraes Rego Reis
Pesq. responsável no exterior: David Symer
Instituição no exterior: Ohio State University, Columbus, Estados Unidos
Instituição-sede: Instituto de Química (IQ). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
Assunto(s):Mutação  Regiões não traduzidas  Neoplasias pancreáticas  Genomas 

Resumo

Os três objetivos deste projeto são (1) determinar novos IncRNAs expressos no câncer de pâncreas utilizando dados de RNAseq, (2) detectar mutações somáticas em regiões não codificadoras e identificar genes sem potencial codificador significativamente mutados em tumores utilizando dados de WGS gerados pelo TCGA, (3) determinar casos em que as mutações somáticas em regiões não-codificadoras perturbaram a expressão de genes vizinhos. As atividades planejadas de intercâmbio serão essenciais para o desenvolvimento das ferramentas informáticas e a implementação das análises computacionais necessárias para dissecar o papel funcional de mutações em regiões não-codificadoras do genoma do câncer e sua relevância na regulação de IncRNAs com expressão aberrante no câncer de pâncreas e outros tumores humanos. (AU)