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Integrated analysis of somatic mutations and transcriptional changes in noncoding regions of the pancreatic cancer genome

Processo: 15/50317-6
Modalidade de apoio:Auxílio à Pesquisa - Regular
Vigência: 01 de setembro de 2016 - 31 de agosto de 2017
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
Convênio/Acordo: Ohio State University
Pesquisador responsável:Eduardo Moraes Rego Reis
Beneficiário:Eduardo Moraes Rego Reis
Pesq. responsável no exterior: David Symer
Instituição no exterior: Ohio State University, Columbus, Estados Unidos
Instituição Sede: Instituto de Química (IQ). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
Assunto(s):Mutação  Regiões não traduzidas  Neoplasias pancreáticas  Genomas 
Palavra(s)-Chave do Pesquisador:Bioquimica

Resumo

Os três objetivos deste projeto são (1) determinar novos IncRNAs expressos no câncer de pâncreas utilizando dados de RNAseq, (2) detectar mutações somáticas em regiões não codificadoras e identificar genes sem potencial codificador significativamente mutados em tumores utilizando dados de WGS gerados pelo TCGA, (3) determinar casos em que as mutações somáticas em regiões não-codificadoras perturbaram a expressão de genes vizinhos. As atividades planejadas de intercâmbio serão essenciais para o desenvolvimento das ferramentas informáticas e a implementação das análises computacionais necessárias para dissecar o papel funcional de mutações em regiões não-codificadoras do genoma do câncer e sua relevância na regulação de IncRNAs com expressão aberrante no câncer de pâncreas e outros tumores humanos. (AU)

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