Integrated analysis of somatic mutations and transcriptional changes in noncoding regions of the pancreatic cancer genome

• Processo: 15/50317-6
• Linha de fomento: Auxílio à Pesquisa - Regular
• Vigência: 01 de setembro de 2016 - 31 de agosto de 2017
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
• Convênio/Acordo: Ohio State University
• Pesquisador responsável: Eduardo Moraes Rego Reis
• Beneficiário: Eduardo Moraes Rego Reis
• Pesq. responsável no exterior: David Symer
• Instituição no exterior: Ohio State University, Columbus, Estados Unidos
• Instituição-sede: Instituto de Química (IQ). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Assunto(s): Mutação Regiões não traduzidas Neoplasias pancreáticas Genomas

Resumo

Os três objetivos deste projeto são (1) determinar novos IncRNAs expressos no câncer de pâncreas utilizando dados de RNAseq, (2) detectar mutações somáticas em regiões não codificadoras e identificar genes sem potencial codificador significativamente mutados em tumores utilizando dados de WGS gerados pelo TCGA, (3) determinar casos em que as mutações somáticas em regiões não-codificadoras perturbaram a expressão de genes vizinhos. As atividades planejadas de intercâmbio serão essenciais para o desenvolvimento das ferramentas informáticas e a implementação das análises computacionais necessárias para dissecar o papel funcional de mutações em regiões não-codificadoras do genoma do câncer e sua relevância na regulação de IncRNAs com expressão aberrante no câncer de pâncreas e outros tumores humanos. (AU)