A adaptação ao uso de codões vertebrados se relaciona com o potencial de emergência do Flavivirus?

• Processo: 18/02055-0
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Publicações científicas - Artigo
• Data de Início da vigência: 01 de abril de 2018
• Data de Término da vigência: 31 de janeiro de 2020
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Microbiologia - Biologia e Fisiologia dos Microorganismos
• Pesquisador responsável: Paolo Marinho de Andrade Zanotto
• Beneficiário: Paolo Marinho de Andrade Zanotto
• Instituição Sede: Instituto de Ciências Biomédicas (ICB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Vinculado à bolsa: 13/22136-1 - Aplicação de metagenômica para descoberta de novos vírus na Mata Atlântica paulista, BP.DD
• Assunto(s): Flavivirus
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Codon adaptation index | Codon usage | Dengue Vírus | flavivírus | West Nile Vírus | Yellow Fever Virus | Codon usage bias

Resumo

O índice de adaptação de codão (CAI) é uma medida de polarização de uso de codões sinônimo dada uma referência de uso. Através da mutação, seleção e deriva, os vírus podem otimizar sua eficiência de replicação e produzir mais prole, o que pode aumentar a chance de transmissão secundária. Para avaliar a forma como o maior CAI em relação ao hospedeiro foi associado a títulos virais mais altos, exploramos as tendências temporais de vários flavivírus e relacionamentos zoonoticos históricos e extensivamente sequenciados dentro do próprio gênero. Para mostrar relações evolutivas e epidemiológicas associadas a alterações sinônimas silenciosas e adaptativas de vírus, utilizamos tabelas de uso de codões de manutenções humanas e genes imunes antivirais, bem como tabelas de vetores de artrópodes e espécies de vertebrados envolvidas no ciclo de manutenção de flavivírus. Nós argumentamos que as tendências temporais das mudanças de CAI podem levar a uma melhor compreensão das emergências zoonóticas, da dinâmica evolutiva e da adaptação do hospedeiro. O CAI parece ajudar a ilustrar tendências historicamente relevantes de vírus bem caracterizados, em diferentes espécies virais e diversidade genética dentro de uma única espécie. O CAI pode ser uma ferramenta útil, juntamente com a cinética in vitro e in vitro, a filodinâmica e estudos genômicos funcionais adicionais para melhor compreender o tráfico de espécies e a emergência viral em um novo hospedeiro. (AU)