Seqüenciamento com ultra-alta cobertura do transcriptoma de diferentes linhagens de câncer de próstata. Caracterização do efeito de andrógeno sobre transcritos intrônicos em câncer de próstata.

• Processo: 10/01429-2
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
• Data de Início da vigência: 01 de abril de 2010
• Data de Término da vigência: 31 de agosto de 2010
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
• Pesquisador responsável: Sergio Verjovski Almeida
• Beneficiário: Dinar Yunusov
• Instituição Sede: Instituto de Química (IQ). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 07/59168-7 - Caracterização funcional de RNAs intrônicos não-codificadores expressos no genoma humano, AP.TEM
• Assunto(s): Neoplasias da próstata Sequenciamento de nucleotídeos em larga escala RNA Transcriptoma
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Câncer de Próstata | efeito andrógeno | ncRNAs intrônicos | Rna | Sequenciamento em larga escala | Transcriptoma | Expressão gênica em eucariotos

Resumo

O bolsista de Treinamento Técnico TT2 irá atuar principalmente no seguinte sub-projeto:Sub-projeto B.1 - Seqüenciamento com ultra-alta cobertura do transcriptoma de diferentes linhagens de câncer de próstata para identificação de RNAs não-codificadores raros e de novas formas de splicing alternativo.Este sub-projeto envolve a técnica de pirosequenciamento de nova-geração, usando o sequenciador FLX 454-Roche do IQ-USP. Esta técnica é muito poderosa para gerar sequencias a partir de DNA genômico, porém se mostrou bastante difícil e ineficiente para sequenciar cDNA, gerado a partir de mRNA. Os kits da Roche não estão otimizados para sequenciamento de cDNA, e todos os papers recentes que tem sido publicados com o uso do equipamento nesta aplicação, têm desenvolvido métodos alternativos de geração de bibliotecas de fragmentos de cDNA que sejam mais adequadas para gerar 1 milhão de ESTs por biblioteca.O preparo destas bibliotecas requer um trabalho técnico muito intenso, cerca de 10 horas por dia durante 4 a 5 dias consecutivos. É necessário o envolvimento de um técnico com um de alto nível de compreensão dos passos do método. Novos métodos serão adaptados a partir da literatura recentemente publicada.