Análise de transcriptomas de células de pacientes Xeroderma pigmentosum após irradiação com luz UVA

• Processo: 14/03941-3
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Mestrado
• Data de Início da vigência: 01 de maio de 2014
• Data de Término da vigência: 31 de agosto de 2015
• Área de conhecimento: Interdisciplinar
• Pesquisador responsável: Carlos Frederico Martins Menck
• Beneficiário: Francisco Ivanio Arruda Alves
• Instituição Sede: Instituto de Ciências Biomédicas (ICB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Assunto(s): Biologia computacional Transcriptoma Xeroderma pigmentoso Raios ultravioleta Análise de sequência de RNA Reparo do DNA Expressão gênica
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: reparo de DNA | RNA-seq | Transcriptoma | Uva | Xeroderma Pigmentosum | Bioinformática

Resumo

Estão sendo realizados no Laboratório de Reparo de DNA do Depto. de Microbiologia, ICB/USP, Sequenciamento de Transcritos (RNA-Seq) de culturas de fibroblastos primários irradiados por luz UVA. Esse estudo é desenvolvido com fibroblastos de indivíduos brasileiros, diagnosticados clinicamente com a Síndrome Xeroderma Pigmentosum (XP), que apresentam diferentes tipos de defeitos no reparo e/ou tolerância de lesões no DNA. As sequências de transcriptoma serão analisadas em busca de informações sobre padrões de expressão e diferenças entre transcritos de genes. Para tal, é necessária a interpretação da grande quantidade de dados obtidos no processo de sequenciamento e tratamento dos mesmos através de softwares/pipelines especializados. O trabalho aqui proposto tem por objetivo principal realizar análises de transcriptomas das células (culturas primárias) XP-V e normais, irradiadas e não irradiadas com luz UVA, em busca da compreensão do efeito desses comprimentos de onda na expressão gênica de células com deficiência na síntese de translesão do DNA. Para tanto, serão realizadas avaliação, discussão e construção de protocolos e ferramentas de bioinformática para identificar níveis de expressão diferencial e também de processamento alternativo (splicing) induzidos pela irradiação UVA nestas células. (AU)