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Análise de transcriptomas de células de pacientes Xeroderma pigmentosum após irradiação com luz UVA

Processo: 14/03941-3
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Mestrado
Vigência (Início): 01 de maio de 2014
Vigência (Término): 31 de agosto de 2015
Área do conhecimento:Interdisciplinar
Pesquisador responsável:Carlos Frederico Martins Menck
Beneficiário:Francisco Ivanio Arruda Alves
Instituição-sede: Instituto de Ciências Biomédicas (ICB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
Assunto(s):Biologia computacional   Transcriptoma   Xeroderma pigmentoso   Raios ultravioleta   Análise de sequência de RNA   Reparo do DNA   Expressão gênica

Resumo

Estão sendo realizados no Laboratório de Reparo de DNA do Depto. de Microbiologia, ICB/USP, Sequenciamento de Transcritos (RNA-Seq) de culturas de fibroblastos primários irradiados por luz UVA. Esse estudo é desenvolvido com fibroblastos de indivíduos brasileiros, diagnosticados clinicamente com a Síndrome Xeroderma Pigmentosum (XP), que apresentam diferentes tipos de defeitos no reparo e/ou tolerância de lesões no DNA. As sequências de transcriptoma serão analisadas em busca de informações sobre padrões de expressão e diferenças entre transcritos de genes. Para tal, é necessária a interpretação da grande quantidade de dados obtidos no processo de sequenciamento e tratamento dos mesmos através de softwares/pipelines especializados. O trabalho aqui proposto tem por objetivo principal realizar análises de transcriptomas das células (culturas primárias) XP-V e normais, irradiadas e não irradiadas com luz UVA, em busca da compreensão do efeito desses comprimentos de onda na expressão gênica de células com deficiência na síntese de translesão do DNA. Para tanto, serão realizadas avaliação, discussão e construção de protocolos e ferramentas de bioinformática para identificar níveis de expressão diferencial e também de processamento alternativo (splicing) induzidos pela irradiação UVA nestas células. (AU)