Implementação computacional das análises de CLIP-seq para determinação de mRNAs-alvo e sítios de ligação da proteína Caprin-1

• Processo: 15/25134-5
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Mestrado
• Data de Início da vigência: 01 de fevereiro de 2016
• Data de Término da vigência: 28 de fevereiro de 2017
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Humana e Médica
• Pesquisador responsável: Katlin Brauer Massirer
• Beneficiário: Felipe Eduardo Ciamponi
• Instituição Sede: Centro de Biologia Molecular e Engenharia Genética (CBMEG). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Campinas , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 12/00195-3 - Redes de regulação pós-transcricional por proteínas de ligação a RNA em células tronco embrionárias humanas, AP.JP
• Assunto(s): RNA mensageiro Biologia computacional
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: bioinformática | Caprin-1 | CLIPseq | mRNA | Pipeline | RBPs | Bioinformática

Resumo

Proteínas de ligação ao RNA (RNA binding proteins - RBPs) regulam pós-transcricionalmente um vasto número de genes. Ligam-se a vários mRNAs celulares regulando splicing, localização, estabilização e degradação de transcritos e atuam como guias na regulação gênica por RNAs curtos não-codificantes, como microRNAs. Mutações nas RBPs ou alterações na regulação de mRNAs-alvo são associadas a estados patológicos e com falhas na manutenção da pluripotência de células-tronco e de processos envolvidos na diferenciação celular. No entanto, ainda não está claro o mecanismo de atuação de algumas RBPs nem seus mRNAs-alvo. No presente estudo iremos investigar os mRNAs-alvo ligados a proteína Caprin-1 (ou Rng-105) e definir os sítios de ligação da proteína aos mRNAs.

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

WU, QIN; NIE, DAVID Y.; BA-ALAWI, WAIL; JI, YISHUAI; ZHANG, ZIWEN; CRUICKSHANK, JENNIFER; HAIGHT, JILLIAN; CIAMPONI, FELIPE E.; CHEN, JOCELYN; DUAN, SHILI; et al. PRMT inhibition induces a viral mimicry response in triple-negative breast cancer. Nature Chemical Biology, v. N/A, p. 22-pg., 2022-05-16. (15/25134-5, 20/02006-0, 16/25521-1, 14/50897-0)

SACHAMITR, PATTY; HO, JOLENE C.; CIAMPONI, FELIPE E.; BA-ALAWI, WAIL; COUTINHO, FIONA J.; GUILHAMON, PAUL; KUSHIDA, MICHELLE M.; CAVALLI, FLORENCE M. G.; LEE, LILIAN; RASTEGAR, NAGHMEH; et al. PRMT5 inhibition disrupts splicing and stemness in glioblastoma. NATURE COMMUNICATIONS, v. 12, n. 1, FEB 12 2021. (16/25521-1, 15/25134-5, 14/50897-0, 14/21704-9)

Publicações acadêmicas

(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

CIAMPONI, Felipe Eduardo. Identification of biological characteristics associated with RNA-binding proteins (RBPs) target sites. 2018. Dissertação de Mestrado - Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Instituto de Biologia Campinas, SP.