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Implementação computacional das análises de CLIP-seq para determinação de mRNAs-alvo e sítios de ligação da proteína Caprin-1

Processo: 15/25134-5
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Mestrado
Vigência (Início): 01 de fevereiro de 2016
Vigência (Término): 28 de fevereiro de 2017
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Genética - Genética Humana e Médica
Pesquisador responsável:Katlin Brauer Massirer
Beneficiário:Felipe Eduardo Ciamponi
Instituição-sede: Centro de Biologia Molecular e Engenharia Genética (CBMEG). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Campinas , SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:12/00195-3 - Redes de regulação pós-transcricional por proteínas de ligação a RNA em células tronco embrionárias humanas, AP.JP
Assunto(s):RNA mensageiro   Biologia computacional

Resumo

Proteínas de ligação ao RNA (RNA binding proteins - RBPs) regulam pós-transcricionalmente um vasto número de genes. Ligam-se a vários mRNAs celulares regulando splicing, localização, estabilização e degradação de transcritos e atuam como guias na regulação gênica por RNAs curtos não-codificantes, como microRNAs. Mutações nas RBPs ou alterações na regulação de mRNAs-alvo são associadas a estados patológicos e com falhas na manutenção da pluripotência de células-tronco e de processos envolvidos na diferenciação celular. No entanto, ainda não está claro o mecanismo de atuação de algumas RBPs nem seus mRNAs-alvo. No presente estudo iremos investigar os mRNAs-alvo ligados a proteína Caprin-1 (ou Rng-105) e definir os sítios de ligação da proteína aos mRNAs.