Mapeamento e caracterização de eQTL associados ao perfil de ácidos graxos da carne em bovinos Nelore

• Processo: 16/21201-2
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de abril de 2017
• Data de Término da vigência: 31 de março de 2019
• Área de conhecimento: Ciências Agrárias - Zootecnia - Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
• Pesquisador responsável: Henrique Nunes de Oliveira
• Beneficiário: Camila Urbano Braz
• Instituição Sede: Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias (FCAV). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Jaboticabal. Jaboticabal , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 09/16118-5 - Ferramentas genômicas no melhoramento genético de características de importância econômica direta em bovinos da raça Nelore, AP.TEM
• Bolsa(s) vinculada(s): 17/21757-3 - Explorando análises de eQTL para perfil de ácidos graxos da carne em bovinos da raça Nelore, BE.EP.PD
• Assunto(s): Regulação da expressão gênica Análise de sequência de RNA Ácidos graxos Bovinos de corte Carne bovina Bos taurus indicus Gado Nelore
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: ácidos graxos | Bovinos de corte | eQTL | Nelore | Regulação gênica | RNA-seq | Bovinos de corte

Resumo

O rebanho brasileiro é composto, principalmente, por animais da raça Nelore, a qual é conhecida por sua adaptabilidade em climas tropicais. Porém a carne produzida por animais Bos indicus tem como característica baixo teor de gordura intramuscular e subcutânea, o que influencia negativamente na qualidade da carne. Por outro lado, a carne de Bos indicus tem apresentado concentrações desejáveis de ácidos graxos importantes para a saúde humana. Profissionais de saúde têm recomendado a redução no consumo de ácidos graxos saturados e o aumento da ingestão de ácidos graxos insaturados. Isto tem motivado o desenvolvimento de pesquisas que visam melhor compreender os mecanismos biológicos e funcionais envolvidos na regulação e expressão dos genes responsáveis pela síntese de ácidos graxos. A tecnologia de RNA-Seq permite a detecção de todos os genes expressos, possibilitando o mapeamento dos locos controladores da expressão gênica (eQTLs). Além disso, o mapeamento pode contribuir para a dissecação da arquitetura genética da variação da expressão do gene e seus impactos sobre o fenótipo. O objetivo do presente projeto é mapear e caracterizar os eQTLs existentes no transcriptoma de bovinos da raça Nelore para o perfil de ácidos graxos, buscando compreender como as variantes regulatórias influenciam na variabilidade fenotípica da característica. Serão utilizadas informações fenotípicas e de expressão gênica de animais machos inteiros da raça Nelore participantes do programa de melhoramento genético Nelore Qualitas. Para as análises estatísticas serão utilizados 20 diferentes ácidos graxos, bem como a soma dos ácidos graxos saturados, monoinsaturados, poli-insaturados, ômega 6 e ômega 3 e as proporções de poli-insaturados por saturados e ômega 6 por ômega 3. A busca por eQTLs será realizada utilizando o método TReCASE, com o qual também será possível identificar os eQTLs que agem em cis ou em trans. A identificação de eQTL hotspots será conduzida por meio de teste de permutação, o qual permuta os genótipos entre as amostras, mas preserva a estrutura de correlação presente nos dados de expressão gênica. Além disso, as regiões dos eQTL detectados serão comparadas com resultados de estudos de associação genômica ampla previamente conduzidos para o perfil de ácidos graxos e características correlacionadas. Espera-se com o presente estudo desvendar os mecanismos da regulação gênica dos ácidos graxos, promovendo uma melhor compreensão biológica da variabilidade fenotípica da característica e assim, contribuir para a comunidade científica por meio do entendimento da arquitetura da regulação dos genes para a característica estudada. (AU)