Desenvolvimento de uma ferramenta computacional para busca e predição de força de promotores em bactéria para aplicações em biologia sintética

• Processo: 17/04217-5
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
• Data de Início da vigência: 01 de junho de 2017
• Data de Término da vigência: 31 de maio de 2019
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Microbiologia - Biologia e Fisiologia dos Microorganismos
• Pesquisador responsável: Rafael Silva Rocha
• Beneficiário: Murilo Henrique Anzolini Cassiano
• Instituição Sede: Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 12/22921-8 - Abordagens de biologia sintética para decifrar os mecanismos de integração de sinais em promotores bacterianos complexos, AP.JP
• Assunto(s): Biologia sintética Biologia computacional Plataforma (computação) Comportamento de utilização de ferramentas Regulação da expressão gênica Bactérias RNA polimerases
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: bioinformática | Ferramenta Computacional | Promoteres sintéticos | Redes reguatórias | Regulação gênica | Biologia Sintética

Resumo

Os genes não são expressos a todo momento, eles precisam ser regulados e uma etapa desta regulação é o início da transcrição. As bactérias possuem uma maquinaria celular para regular e fazer a transcrição, maquinaria que a biologia sintética compara a verdadeiros programas de tomada de decisão. Os atores deste processo são a RNA polimerase, os fatores de transcrição (que ativam ou inibem a transcrição), sequências no próprio DNA, os chamados promotores, que estão relacionados com a frequência da atividade de transcricional, e os fatores sigma, que reconhecem essas sequências promotoras no DNA. O presente projeto visa o desenvolvimento de uma ferramenta que integre diversos parâmetros para busca e predição de força de promotores bacterianos. A especificidade de um promotor oferece ajuste fino da transcrição e este, por sua vez, pode ser usado em inúmeras aplicações. Várias abordagens já foram descritas na literatura, tanto experimentais como computacionais. A abordagem deste projeto será reunir em uma plataforma computacional as características sobre sequências promotoras bacterianas de trabalhos anteriores e usá-las em um modelo para predição e validá-lo experimentalmente com promotores sintéticos. (AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

CAMPOS ANTONIETO, AMANDA CRISTINA; VIEIRA NOGUEIRA, KAROLINE MARIA; DE PAULA, RENATO GRACIANO; NORA, LUFSA CZAMANSKI; ANZOLINI CASSIANO, MURILO HENRIQUE; GUAZZARONI, MARIA-EUGENIA; ALMEIDA, FAUSTO; DA SILVA, THIAGO APARECIDO; RIES, LAURE NICOLAS ANNICK; DE ASSIS, LEANDRO JOSE; et al. A Novel Cys2His2 Zinc Finger Homolog of AZF1 Modulates Holocellulase Expression in Trichoderma reesei. MSYSTEMS, v. 4, n. 4, JUL-AUG 2019. (16/23233-9, 16/03322-7, 15/04309-1, 17/04217-5, 16/03763-3, 18/03766-8, 15/09553-8, 12/22921-8)

MARTINS-SANTANA, LEONARDO; NORA, LUISA C.; SANCHES-MEDEIROS, ANANDA; LOVATE, GABRIEL L.; CASSIANO, MURILO H. A.; SILVA-ROCHA, RAFAEL. Systems and Synthetic Biology Approaches to Engineer Fungi for Fine Chemical Production. FRONTIERS IN BIOENGINEERING AND BIOTECHNOLOGY, v. 6, OCT 3 2018. (15/22386-3, 17/17924-1, 16/11093-8, 17/04217-5, 16/03763-3, 12/22921-8)